經濟學家厲以寧曾提出：中國是個二元經濟的國家，城市和農村的經濟結構不同，生活方式的差別很大，不能籠統地用基尼系數來說明問題，應按中國現階段城鄉二元經濟的情況來分析。而據中國人民大學公共管理學院社會保障研究所副教授程永宏的統計，改革開放以來的大部分研究文獻都只關注農村或城鎮內部基尼系數，對全國總體基尼系數的定量研究極為有限。
在十多年前，由於依賴國家統計局的城鄉二元統計數據，許多學者也不得不分別計算農村、城市兩者的基尼系數。例如李實的課題組1995年測算出0.455的總體基尼系數的同時也算出了農村內部0.34，城市內部0.28的基尼系數，兩者都遠低於總體的基尼系數。
如果只保留農村內部和城市內部的分組基尼系數，則城鄉差距將被人為抹平，參考價值將毫無疑問打上折扣。
在主張二元基尼系數的學者看來，無論是城市或農村內部，基尼系數都沒有超過0.4的警戒線，因此可以解釋中國社會仍然非常穩定。
而如果將城鄉一體考慮計算，學界的估算值基本都在介於0.45－0.50之間，提醒著決策層保持警惕。“現在中國的城鄉差距在3.3倍左右，保持在很高的水平，這是無法忽略的事實。”中國改革基金會國民經濟研究所副所長王小魯對記者表示。
與統計局調查方法迥異
在2007年李實課題組第四次大規模測算基尼系數時，不僅分別測算城市與農村各自的基尼系數，也計算全國的基尼系數。而且，依舊採取了與國家統計局合作調查的方式。
“要保證基尼系數的可靠性，首先要保證抽樣的代表性，其次是樣本數據的可靠性，最後才是計算方法的問題。”李實介紹。
課題組所抽取的樣本幾乎都在一萬份以上，而在2007年，樣本數量更是達到了2.3萬，都需要挨家挨戶上門進行問卷調查。這樣的工作量顯然不是課題組所能承受的，選擇與國家統計局調查隊合作成為了無法避免的選擇。
“統計局進行入戶收入調查基本上都有10萬以上的樣本，城市5萬，農村6萬，我們主要是從中選擇一部分有代表性的調查樣本。”李實說。
儘管以國家統計局的樣本為主，但李實的問卷卻得出了與國家統計局完全不一樣的結果。原因是兩者的問卷有著一定的差異—在城市調查中，國家統計局只計算現金收入，而李實課題組除了現金收入之外，還讓樣本填寫實物收入的情況，另外，對於自有住房者，除非其對外出租，否則統計局不計算其租金，但課題組則將自有住房的估算租金包含在內。
“你有房子，讓別人住和你自己住，性質是一樣的。租給別人能獲得租金收入，自己住也應該看做是等值的收入，實際上也是其收入的一部分，只是沒有通過交易過程反映出來。舉個很簡單的例子，如果你沒有房子，你租房子要花錢，這個和你自己有房子自己住，效用是一樣的，一個是花錢的一個不花錢，之所以不花錢因為是你過去投過資了，現在獲得的是投資收益。”李實解釋。
隨著十年來的房地產價格日益高漲，自有住房估算租金在個人收入中的比例已經越來越高，據李實課題組的估算，2007年這部分租金大概占城市居民收入的四分之一以上。另一方面，李實課題組還對難以調查的高收入人群進行估算，從而讓收入分組的數據變得完整。
“問卷不可能得到隱性收入或者非法收入的情況，特別是高收入人群，所以只能夠根據掌握的其他數據進行估算。”李實介紹，以2007年的調查為例，當年所計算的基尼系數是0.48，但如果加上對高收入人群的收入估算，基尼系數可能上升到0.52－0.53。
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