稅負增加
記者致電一些企業發現，如果實施新稅率，的確可能造成稅負增加。
浙江象山天地物流有限公司經理劉偉宏告訴記者，目前當地實施的是運輸業發票，100元，交6%稅率；此外有8%可以給發貨方抵扣。而如果效仿上海實施11%的運輸業增值稅稅率，則過去100元收入交6元稅，現在要交11元錢。
“6%稅率還可以抵扣，比如達到一定的額度後，可以償還3%，稅負相對不高。但如果實施11%新稅率，很明顯稅負是增加的”。
山西運輸集團公司財務處劉軍陽測算也發現，運輸企業整體營業稅稅率都在 3%左右，而調整之後增值稅稅率達到 11%，稅率有明顯提升。
劉測算，按照當前3.405%稅率計算，2011年該公司實際納稅額為594.81萬元。其客運成本為15140.27萬元，假設燃油費可抵消（實際大部分不可抵）金額為4996.29萬元，則應納稅424.69萬元；若按照11%新稅率測算，假設燃油費可抵消金額為4，996.29萬元，應納稅額為1371.97萬元，納稅額較原先征營業稅增加了947.28萬元，納稅額增長223.1%。
此前據2011年3月中國物流與採購聯合會的調查，2008—2010年三年年均營業稅實際負擔率為1.3%，其中貨物運輸業務負擔率平均為1.88%；實行增值稅後，即使貨物運輸企業發生的可抵扣購進項目實務，全部可以取得增值稅專用發票進行進項稅額抵扣，實際增值稅負擔率也會增加到4.2%，上升幅度為123%。
而上海1月份實施改革時，個別公司稅負增加更大，上海德邦物流（微博）有限公司1月份實際稅負比營業稅稅負上升約3.4個百分點，增幅高出1倍還多；上海佳吉快運有限公司1—2月由營業稅實際負擔率1.63%，上升到增值稅實際負擔率4.71%，上升189%；上海中遠物流公司1月份實際負擔率增加215%。
針對這些，財政部稅政司副司長鄭建新曾表示，營業稅和增值稅的計稅依據不同。營業稅納稅人基本上按照營業所得徵收；而增值稅則以增值額為徵稅對象，在實際操作中環環徵收、道道抵扣，納稅人購買增值稅應稅項目時繳納的增值稅，可以在銷售應稅項目時全額抵扣。故兩者不能作簡單的數字比較。
然而，天津交通與物流協會秘書長杜寶榮說，很多增值稅上游抵扣項目，是不容易找到發票的，比如運輸企業存在多次外包問題，同時很多修理和搬運環節開不出增值稅發票，這會導致成本抵扣難以完成，企業承擔的增值稅還是很高。採訪中一個電視購物經銷商也反映過類似問題。
有趣是的，目前很多上海物流公司還沒有參加試點改革。比如龍邦物流公司華東地區的一位人士告訴記者，目前仍是營業稅。蘇州一家物流公司負責人也認為，目前實施的稅率是7%，還有抵扣，很不錯。
廣東物流協會譚曉娜告訴記者，實施類似上海11%的增值稅稅率，稅負不僅僅增加，還在於很多領域難以抵扣，比如之前購買的交通設備，此外油錢、過路費都開不出增值稅發票，實際上占成本比重很高。
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