2、《舊金山和約》規定的日本領土不包括台灣與琉球，日本簽署上述條約表明日本已經認同該條約對日本領土的限定。
聯盟國與日本簽訂《舊金山和約》的前提是日本宣示將申請加入聯合國並遵守《聯合國憲章》及《世界人權宣言》。在該條約第一章第二條中，聯盟國承認日本與其領海之日本國民之完全主權。但是，根據該條約第二章領土第二條，日本承認朝鮮的獨立、並放棄對朝鮮包括濟州島、巨文島與郁陵島、台灣及澎湖諸島、千島群島、庫頁島部分及鄰近各島嶼、與國際聯盟委任統治制度相關的所有島嶼、日本國家或國民在南極地區相關活動所衍生的權益、南沙群島、西沙群島的所有權利、權利依據及請求權。根據該條約第二章領土第三條，日本同意美國關於將北緯29度以南之南西諸島（含琉球群島與大東群島）、孀婦岩島以南之南方諸島（包括小笠原群島、西之島與硫黃列島）及衝之鳥島與南鳥島等地送交聯合國托管制度，並以美國為唯一的管理當局之任何提議。在此提案獲得通過之前，美國有權對上述島嶼的居民、領土、包括其領海，擁有實施行政、立法與司法權利。
日本在簽訂《舊金山和約》的同時已經申請加入聯合國。上述條款說明，《舊金山條約》限定日本領土的範圍中，不包括第二條日本放棄的領土與第三條日本交與聯合國托管並由美國暫時管理的領土。也就是說，《舊金山和約》限定的日本領土中，不包括台灣澎湖諸島與琉球群島等日本放棄與交聯合國托管的領土。日本簽訂了《舊金山和約》，表明日本已經承認該條約對其領土的限定。根據該限定，台灣澎湖諸島與琉球群島都被排除在日本領土之外。所以，《舊金山和約》已經剝奪日本對台灣澎湖諸島與琉球群島等島嶼的所有權利。該條約也就理所當然不能成為日本佔有釣魚島的權利來源。
3、在《舊金山和約》中，《開羅宣言》、《波茨坦公告》等與結束第二次世界大戰相關的文件的法律效力得到繼續承認。
根據《舊金山和約》第8條a款，日本承認聯盟國自1939年9月1日起至今為止為終止戰爭狀態所定條約之有效性，日本亦完全承認聯盟國為恢復和平之相關行為的所有效力。日本亦接受先前之國際聯盟與常設國際法院所為終止戰爭之決議。第10條“日本放棄一切有關中國之特別權利與利益，包括源自1901年9月7日簽署於北京之最後議定書條款、其附件、書簡與文件所衍生之對中國的利益與特權；同時，同意放棄前述議定書條款、其附件、書簡與文件”。第三章第6條b款“依據1945年7月26日《波茨坦公告》第9條有關日本軍隊撤退回國之條款，若尚未完成者，得持續執行”。
根據上述條款，《開羅宣言》、《波茨坦公告》等敦促日本投降的相關文件的法律效力在《舊金山和約》內日本是予以承認的。所以，雖然中國因為國共內戰而產生的代表權之爭未能派代表參加舊金山和會，而美國在朝鮮戰爭正酣之際，為了將日本改造成美國在亞洲的盟友而不顧美國國內及其他盟國要求嚴懲日本的要求，對日本採取寬容的政策，並要求聯盟國放棄對日本的戰爭賠償請求。作為日本對外侵略戰爭最大受害者的中國未能出席舊金山和會，使得中國人民的利益在和會中沒有得到充分保障。《舊金山和約》對中國人民是不公平的，因而中國大陸政府至今不承認其合法性。但《舊金山和約》作為戰後在《聯合國憲章》基礎上訂立的國際條約，已經剝奪了日本在台灣、琉球的權利。日本政府以《舊金山和約》作為獲取釣魚島主權的依據是完全站不住腳的。
4、1971年的“美日移交琉球協議”不符合國際法，日本更未因此獲得釣魚島主權。
戰後美國代表盟軍接管了作為敵國的日本，並對琉球進行單獨托管。美國從日本獲得對琉球托管權的法理依據是1945年6月26日訂於舊金山的《聯合國憲章》、1947年4月2日聯合國安理會第318號決議案與1951年的《舊金山和約》。依據上述三份文件的相關法律條款，美國只是暫時獲得托管琉球的權利。依據托管制度的相關程序，美國還需向聯合國提出托管協議，並獲聯合國批准才能獲得合法托管權。但是隨著冷戰的發生，美國出於自身的利益需要，並沒有向聯合國履行相關法律程序，與聯合國訂立托管協議，因此美國在舊金山和會後長期單獨托管琉球諸島在程序上是不符合上述三個法律文件的。
美國在佔領琉球之初，曾成立琉球民政府，並主導琉球的獨立。但朝鮮戰爭與越戰中，美國將琉球軍事基地化。60年代末70年代初，美國在內陷於國內經濟的嚴重衰退，外陷於越戰泥潭的雙重困境及琉球居民對美軍基地的強烈抗議熱潮中，以佐藤政府允許延長日美安保條約，給美軍提供財政上的支持、允許美軍長期駐紮琉球，以及簽訂允許美國必要時將核武器運進琉球的密約等為條件，於1971年在沒有與聯合國安理會及相關國家協商的情況下，私下與日本簽署“美國和日本關於琉球諸島與大東諸島的協定”，簡稱“美日移交琉球協定”。
但《聯合國憲章》“國際托管制度”第七十九條規定，置於托管制度下之每一領土之托管條款，及其更改或修正，應由直接關係各國、包括聯合國之會員國而為委任統治地之受託國者，予以議定，其核准應依第八十三條及第八十五條之規定。即依據“國際托管制度”中的第七十九條、第八十三條、第八十五條的規定，美國是從聯合國獲得對琉球等島嶼的托管權，如果沒有聯合國安理會或聯合國大會的決議，美國沒有權利將受託管領土上所擁有的權利轉讓他國。日本根據《舊金山和約》已經放棄在琉球等與聯合國托管相關島嶼的權利。美國在1971年與日本簽訂的《美國和日本關於琉球諸島與大東諸島的協定》（簡稱《美日移交琉球協定》都是在沒有與相關國家及聯合國安理會協商的情況下將包括琉球在內的受聯合國托管領土轉讓給日本，美日之間的這種做法違反了《聯合國憲章》這部戰後最重要的國際法。兩岸政府對該協定都沒有予以承認。
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