就兩岸南海合作的階段及機制探索，楊仁飛提到了兩岸南海合作的三階段性安排：第一階段為醞釀階段。主要為商議、討論、謀劃尋求內部共識的階段；第二階段為協商階段，即通過與對方接觸，逐漸了解對方的意圖，並且拋出自己的構想與需求，雙方進入討價議價、尋求共識的階段。目前兩岸可就可行的、易行的以及急迫的議題，開啟不同層級的接觸、協商、談判的過程。但由於台灣方面有來自美國的壓力，有來自內部的反對，目前要正式啟動協商仍有較大的難度；最後是分步、分議題實施階段。
就路徑而言，她建議兩岸當局分別設立南海研究專項基金，鼓勵兩岸民間組織共同成立兩岸南海基金會或研究性團體，以招標的形式，鼓勵兩岸學界參與，開展為期5－10年的專項研究；另則是嘗試逐步推進涉及兩岸人民生命與財產安全的南海事務性合作；三是建立重大事件信息溝通、應對與合作機制。
最後，楊仁飛表示，兩岸南海交流、合作，“以小事大以智，以大事小以仁”，兩岸各自要有處理兩岸複雜關係的智慧與胸襟，除思考本身的立場之外，試著站在對方的角度和位置上，客觀地理解對方的處境與內心感受，且把這種理解傳達給對方，並且講究科學性，減少感性的因素，增加理性的思索，不斷探索解決彼此分歧、矛盾的方法，結論不管是暫時擱置爭議，還是分歧中趨向共識，都不影響彼此維護與推動兩岸關係向前的決心與行動。 |
