後來廖文毅又與黃紀男等於1948年9月1日，以七百萬台灣人的名義，向聯合國提出第一號請願書，再度要求台灣應暫由聯合國託管，再由全體台灣公民投票決定台灣的前途是隸屬於中國或獨立自主。1948年3月廖文毅、黃紀男於香港成立“台灣民眾聯盟”，其基本綱領即主張：“推翻蔣政權在台的反動統治，建立代表台灣各階層人民利益的民主獨立政府，待整個中國政治確已走上民主軌道之時，依人民投票以聯邦之一單位加入中國民主聯邦”；但卻在其宣傳刊物《台灣論壇報》中主張：“應當以對待朝鮮的同樣態度對待台灣，台灣一旦成為獨立，美國應當給予援助”；並且進一步宣稱：“台灣人民是混合血種，與周圍任何國家，並無自然聯繫”。廖文毅等人抄襲日人“混血台灣民族論”，指台灣人並非中國血統，而是在幾百年來特殊的歷史過程中，同印尼人、馬來人、荷蘭人、日本人、高山族人混血雜交後形成的獨特血統的種族。1962年，史明進一步發表《台灣人四百年史》，提出“文化台灣民族論”：他認為台灣是個島國，歷史上並非始終和大陸相連，而且形成了自己獨特的海洋文化，有別於大陸文化，彼此語言、文化、宗教、價值觀都不一樣，在和大陸不同範疇的社會基礎上，發展成一個唯一的“台灣民族”（註3）。
然而，事實上，綠營所謂的台灣人是混血種論，是師法日人伊能嘉矩而來。1895年伊能嘉矩以陸軍雇員的名義來台，之後受命從事近十年的台灣原住民田野調查，完成《台灣文化志》（註4）。其中關於平埔族屬南島語系，以及平埔族漢化的論述，成為綠營主張台灣人不是漢人的依據。綠營據此指台灣人是平埔族與漢人的混血後裔，甚至直指台灣人就是消失的平埔族而非漢人、台灣人是閩客化的平埔族。因此，台灣人是屬於南島語系的矮黑種人，甚至引用語言學家Robert Blust和考古學家Peter Bellwood 分別於1985年和1991年提出的“台灣原鄉說”；他們認為南島語族的擴張是基於農業發展、人口遽增、原居地資源分配減少，導致族群大規模地向外遷移，南島語系民族的起源地應該是在台灣。綠營學者據此主張，台灣本來就是太平洋與其他南島世界的一部份；但卻因為近四百年來漢人湧入而逐漸淡忘這種身份。因此，台灣要和南島語系國家建立“南島共同體”，而且南島民族有兩億多人口；因此，國民黨政府說台灣擁有3000萬華僑，卻實際上台灣有2億多原住民僑胞（註5）。
在國府戒嚴時期，黨外陣營提出的台灣論述只能集中在民主化議題，以“民主、制衡”為基調；但比較特別的是1964年彭明敏、魏廷朝、謝聰敏三人發表的“台灣人民自救運動宣言”，主張“一個中國，一個台灣早已是鐵一般的事實”，把廖文毅時代以民族自決或託管論為基調的台灣論述，進一步轉化成兩國論的濫觴。但受到戒嚴體制影響，一直到90年代基督教長老教會發表的“國是聲明與建議”之後，綠營才逐漸將台灣論述台獨化。
此時期黨外陣營的台灣論述，是以台灣本土化為基調，反抗國民黨的“大中國意識”與法統，在台灣人社群中散播“反戒嚴、爭人權”與國會全面改選的主張。黨外後期的台灣論述，則由於海外獨派學者的加入，集中在宣傳台灣地位未定論；將國民黨定位為外來統治者，把戒嚴體制混同日本殖民統治，渲染台灣悲情，發動群眾抗爭，反對國民黨以維護法統當藉口而獨佔台灣政經利益。
當時的訴求集中在反壓迫，要求公平對待台灣人（指台籍閩南人），並且以海外台灣人“黑名單”以及台獨化後的“二二八事件”與五0年代的“白色恐怖”，用來控訴國府的專制，渲染台灣人的悲情。由於有“二二八事件”的歷史傷痕加上戒嚴體製造成五0年代眾多的政治審判事件，在民主化浪潮的衝擊下很難自圓其說，國民黨雖然依賴亮麗的執政成績來維繫政權；但由於黨外利用民主議題，成功擴散反對外省統治集團的情緒；加上國府對黨外的本土化論述又未能及時有效回應，導致國民黨在選舉中多次失利。蔣經國乃宣佈解除戒嚴、黨禁與報禁；終而廢止動員戡亂時期臨時條款、國會全面改選、結束法統。此時期，在台灣論述的演變上，國民黨為維護戒嚴體制而採取跳脫現實的“大中國論述”，不敵黨外從現實出發的本土論述。
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