這時期，民進黨從“民主制衡”，走入“台獨化”；然而這個階段卻很快就結束了，民進黨下的猛藥並無法為黨的選舉成果帶來成長，因為這時期激進的台獨訴求仍是“票房毒藥”。民進黨通過《台獨黨綱》後，在該年底的國代選舉中遭受重挫。因而在第二年的立委選舉中，民進黨不得不淡化“台獨”訴求，主打公共政策牌。台獨黨綱雖然沒有修改，但從此也避談台獨黨綱。
此後，民進黨內為如何取得執政而反復辯論，最後決定以總統直選做為突破口，並且全力轉型，主打公共政策。施明德接任黨主席後，大力推動政黨大和解，進一步希望淡化台獨色彩。直到1996年台灣第一次民選總統產生後，民進黨才又提出“台灣優先、安全第一”的新論述。由於有1995、96年的飛彈軍演危機，民進黨意識到要取得政權，必須對中國問題提出政策，在98年召開中國政策研討會，提出“台、中雙邊談判的基本原則”、“全方位的台、中互動關係”與“強本西進取代戒急用忍”等三項共識。由於李登輝在1998年的台北市長選戰中，拉著馬英九的手高喊“新台灣人”的訴求，一舉擊敗爭取連任的陳水扁；民進黨向來引以為傲的本土論述受到挑戰。1999年大選前的第八屆第二次全代會，民進黨通過《台灣前途決議文》，取代台獨黨綱；陳水扁並提出所謂“新中間路線”，全面包裝美化民進黨的台獨色彩，把台灣論述中的台獨意識模糊化。
解析以民進黨及台獨團體等泛綠陣營的台灣論述，主要由以下論點構成：1、馬關條約割讓台灣，顯示中國對台灣的背棄，是中國人先對台灣人不仁不義；2、“二二八事件”證明外省人欺壓台灣人，台灣人要反抗、要當家作主；3、“二二八事件”是台灣要求獨立而被中國殘酷血腥鎮壓，台灣住民有權自決要求脫離中國的統治；4、中日和約中日本只放棄台灣主權但並未表明主權歸屬，台灣不屬於中國，台灣的地位仍處未定狀態；5、中華民國是外來政權，她在國際間已經不被承認；6、國民黨是戒嚴政體外省政權的復辟，她以黑名單讓海外台灣人有家歸不得，以戒嚴令讓台灣人被外省人少數統治；台灣人應該站起來反抗，台灣人要當家作主。7、“國、共和談”會出賣台灣，台灣會被迫接受中國的一國兩制；8、台灣必須正名、制憲，建立台灣共和國；9、如果暫時無法建國，則台灣至少已經是主權獨立的國家，兩岸互不隸屬，一邊一國。
民進黨台灣論述的演變，清楚的呈現出它是以台獨史觀為藍本、塑造台灣民族論與台灣意識；同時，利用“二二八事件”的歷史傷痕，煽動省籍的矛盾與對立；再以反對外來政權壓迫為由，將國民黨與中國畫上等號，要求制憲、正名；並從台灣地位未定論出發，以美、日安保條約當護體，強言美、日將干預台海衝突，藉以建構兩岸“一邊一國論”的安全觀；最後以反對“一國兩制”、反對中國併吞為由，強化去中國化的正當性。扁政府以台獨為本的台灣論述實際上與過去國民黨的反共論述一樣，都是挾行政力強銷給人民的意識型態，這樣的論述存在以下基本的錯誤推論：
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