再如，進行智庫的競爭力評價時，是否要根據智庫成立年限加以區分，也是一個問題。一個歷史悠久的智庫和一個剛剛成立的智庫，在進行競爭力評價時，是否應該直接放在一起？如果硬要放在一起評價，如何區分現時競爭力和未來競爭潛力？
其次，智庫評價主體缺失。國外智庫評價的主體除了前面提及的賓大全球智庫評價團隊，大多由媒體或第三方評價機構進行。中國智庫由誰來評？當前的局面是中國媒體通常只對智庫成果進行梳理報道，或者針對某一政策問題對智庫的表現進行評論，尚未有媒體進行全國性或者區域性的全面智庫評價。
中國的第三方評價組織發展滯後，且主要集中於財會或質量監督檢測等領域，對於智庫評價也未有機構專門涉及，類似的機構有科技部軟科學辦公室組織的軟科學機構統計調查，但僅僅對軟科學機構的分布、學歷結構、承擔課題、發表論文、國際交流等進行統計，形成調查報告，並未對機構影響力或競爭力進行評價。教育部的人文社科基地評估會有定期的檢查和評審驗收，但大多以自評匯報式進行，即便設計一定的指標體系，但在實際評審中，作為評委的專家學者大多依賴定性投票的形式劃分等級。
最後，智庫評價數據獲取難度較大。智庫評價的真實客觀性，主要體現為評價所需指標數據的真實獲取。但智庫評價數據獲取有一定難度：一方面，獲取數量巨大、分散各地的智庫評價指標數據，無論時間還是人力、物力上都成本巨大；另一方面，有些智庫本身組織性質決定了其很多指標數據在一定時期處於保密狀態，如果按照每年一評的方式，可能無法及時獲取，那麼必然帶來評價結果的不客觀。
此外，指標數據是由評價機構自己建立收集渠道獲得，還是由接受評價的智庫本身提供，二者可能有不小差距。前者投入極大，還容易產生不全面問題，進而影響評價公正性；後者又需要對智庫提供的數據進行鑒別查驗。這都增加了獲取智庫評價指標數據的難度。
如何看待排名？
事實上，真正有評價權的也許是使用智庫研究成果的一方。比如從智庫的決策影響力看，智庫研究報告的採用者是否吸收了智庫研究並運用於實踐？運用於實踐後的效果如何？是否實現政策預期目標，解決了公共問題？這既涉及成果驗收，還涉及成果轉換和追溯。
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