早在明初。根據《明太祖實錄》記載，洪武七年（公元1374年），明太祖朱元璋任命明朝元老靖海侯吳禎大將為總兵，率領龐大聯合艦隊出海巡捕海寇，在海上巡弋九個月過程中，在福州府福清縣牛山洋與倭寇遭遇，激戰後一直追剿倭寇，歷經釣魚島、黃尾嶼、赤尾嶼之後，橫渡黑水溝，追到黑水溝以東的琉球大洋，此時，中國就以控制了釣魚島列嶼及其海域並行使主權。
吳禎率領的舟師，對倭寇窮追不舍，最終在琉球大洋戰而勝之，這充分顯示出中國舟師官兵強大的戰鬥力和嫻熟的航海技術，以及對釣魚島列嶼的位置以了如指掌。說明在明永樂初年《順風相送》出版前，中國官方就已經熟悉掌握釣魚島列嶼各島嶼的位置，這是過去未發現的新啟示。
明嘉靖四十一年（公元1562年），由抗倭名將胡宗憲主持、其幕僚鄭若曾執筆編纂的《籌海圖編》，共十三卷，記載明代抵禦倭寇事，以明嘉靖時期之事為主，上溯明初及明朝以前情況。《籌海圖編》是從理論上總結抗倭經驗，系統論述防禦倭寇的策略。
此書卷一《沿海山沙圖》是包括整個中國沿海的輿圖，南自廣東，北至遼東，包括廣東、福建、浙江、南直隸（今江蘇）、山東和遼東六省的沿海地圖，釣魚島列嶼及其海域亦在其中，而中國領土以外的地區都沒有編入。
《沿海山沙圖》中的“福七”、“福八”兩幅圖，記載了福建羅源縣、寧德縣的各個島嶼。這兩幅圖，由西向東分別標有雞籠山、彭加山、釣魚嶼、花瓶山、黃毛山、橄欖山、赤嶼等島嶼，劃入福建布政使司海防區嶼，故用“福七”、“福八”作標題。鄭若曾將這些島嶼歸屬“自粵抵遼，延袤一萬五千餘裡”的邊海島嶼之列，劃入中國海防區域並行使主權。這些圖的繪制，是為“備倭之制”，即配合防倭禦倭的設防策略，實際上是一種軍用地圖，它由官方主持繪制，資料來自官方，具有官方性質。《籌海圖編》者是籌東南之海以靖倭寇也。《籌海圖編》，是證明釣魚島列嶼及其海域自古屬於中國管轄並行使主權的最重要史籍，是明代論海防集大成之作，是明代邊疆史地研究的最高成就，在捍衛釣魚島列嶼及其海域主權方面，具有重要的歷史價值。
明朝時，中國就已經控制了釣魚島列嶼及其海域並行使主權，釣魚島列嶼就已列入中國海防區域的第一線防區，以後，明清兩朝均將釣魚島列嶼及其海域劃入中國海防區域，隸屬於福建行政管轄範圍行使主權。
釣嶼是中國台灣島屬島。釣魚島列嶼的大陸架、地質結構、地理位置、明清時期史藉及其他資料，都證實該列嶼是中國台灣島附屬島嶼。公元1973年，台灣當局把釣魚島列嶼的行政管轄，隸屬於中國台灣省宜蘭縣頭城鎮大溪裡，獨立郵區編號290。
釣魚島列嶼是第三紀層所噴出的幼年錐狀火山島嶼，在地質結構上與彭佳嶼、棉花嶼、花瓶嶼一脈相承。從中國東海海底地質結構上看，釣魚島列嶼與中國大陸架毗連，和台灣島本島同屬於中國東海大陸架自然延伸隆起部分。具體些說，釣魚島列嶼是中國台灣島北部海底大陸架向東北自然延伸而形成。而台灣海峽的大陸架，由福建、廣東兩省相連處向東自然延伸，至巴士海峽以北，再北行露出海面成為台灣大島。
釣魚島列嶼與琉球古米山隔槽（黑水溝）相望，在中國台灣基隆市東北約92海里，距中國彭佳嶼90海里，離琉球本島230海里，和日本本土遠距1000多海里。由於釣魚島列嶼位於中國大陸架上，其西及西南海深均在200米之內，逾近中國大陸深度愈淺；而其東與琉球島弧，其南與宮古、八重山二群島，則因斷層而使海底地層急劇下陷，深度驟增，形成一道深達1188－2700米的深水槽－－黑水溝。黑水溝之西為台灣海底盆地；之東是琉球群島。因此，釣魚島列嶼和琉球群島，在地理上毫無關聯，釣魚島列嶼屬中不屬琉。
從地質結構上看，琉球群島屬於霧島火山帶，釣魚島列嶼則屬於台灣北部大屯山火山帶，而台灣與大陸曾陸地相連，原屬福建半島，台灣海峽曾高出海面50米到100米，直到六、七千年前，由於海面的上升才形成台灣海峽。故而，釣魚島列嶼乃是中國台灣島附屬島嶼。
在地質結構上，琉球群島是千島群島、日本群島、菲律賓群島等等構成的花旗列島的一環，與釣魚島列嶼無關；釣魚島列嶼海域是新三紀沉積盆地，釣魚島列嶼屬於中國台灣島的大陸性島嶼，與花瓶嶼、棉花嶼、彭佳嶼一起，都是中國台灣島海北部近海的觀音山、大屯山等海岸山脈自然延伸入海後的隆起部分，均為中國台灣島附屬島嶼。
公元1556年。鄭舜功奉使宣諭日本國。著有《日本一鑒》，屬明朝官方文獻。初稿始於公元1557年，成書於公元1565年。在《日本一鑒·桴海圖經卷之二》，他繪有《滄海津鏡》圖，即台灣－琉球間諸島嶼圖，為其《萬里長歌》及海行針路之圖解。他在書中對釣魚島列嶼有詳細記載，明確指出：“釣魚嶼，小東，小嶼也。”他把台灣島稱為“小東島即小琉球”，意即釣魚島是台灣島附屬島嶼。這一論斷，具有重要歷史實記價值，它說明中國官方在當時就已明確指出：釣魚島列嶼是中國台灣島附屬島嶼，為中國固有領土。
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