對於高校是否應該興建智庫，各國智庫界看法不一。歐美國家有相當多的知名高校研究機構，其中不少也投身於公共政策研究。但有些國家的智庫研究中並不涉及這類研究機構，有些機構也不承認自己的智庫屬性，如德國的柏林自由大學拉美研究所，在智庫調查中明確表示自己是純粹的科研機構，與智庫無關[3]；而有些機構則積極向智庫轉型，如倫敦大學亞非學院在2013年專門成立了中國研究院，以便分散在各系的中國問題研究專家能夠加強合作，完成跨學科課題。其目標是建成研究中國問題的英國乃至世界的卓越智庫。[4]
從《意見》來看，我國對建設高校智庫是持肯定態度的。但要注意，理論研究是高校的傳統，教學是高校的重要使命，這兩方面是高校的根本，不應因為智庫建設而有所改變。如果高校興建智庫，則要抓住自己的學科特色，依托優勢研究領域，如東南沿海地區高校的華人華僑研究、南海問題研究，東北地區高校的東北亞研究，師範院校的教育學研究等，都在全國具備很強的研究實力，如果能在此基礎上更多地關注現實問題研究，就不難建成高水平、有特色的智庫。
在此之前，教育部選擇在一些高校設置了人文社會科學重點研究基地和2011協同創新中心，對其給予單獨的經費支持。在一段時間的試點之後，教育部又於2015年2月正式發布了《國別和區域研究基地培育和建設暫行辦法》，規定國別和區域研究基地為“高校整合資源對某一國家或者區域的政治、經濟、文化、社會等開展全方位綜合研究的實體性平台”，並要求國別和區域研究基地“要以咨政服務為首要宗旨，以政策研究咨詢為主要任務，以完善組織形式和管理方式為重點”。相比人文社會科學重點研究基地和2011協同創新中心，國別和區域研究基地的定位和研究內容似乎更為契合智庫的特征。但筆者在調研中發現，不少國別和區域研究基地同時也是人文社會科學重點研究基地，大多基於高校的外語學院建立，並非實體機構，而是一班人馬兩三塊牌子，得到教育部的雙重資助，但並沒有比之前做出更大成就；此外，外語學院的教師大多是語言和文學專業出身，缺少政治、經濟、法律等與智庫相關度高的學科背景，又沒有外交實踐的經驗，基本上提不出什麼有價值的政策建議。一些基地甚至需要借助中國社科院和中國現代國際關係研究院等智庫的學者加盟來維持研究水平和期刊質量。這顯然與《意見》中提出的要求還有相當大的距離。
如何將各類基地、中心和研究所轉型為真正的智庫，是擺在高校面前的現實問題。目前看來，至少有以下幾個迫切需要解決的問題：一是要按照《意見》中提出的要求將其從院系的“影子機構”轉變為“實體性研究機構”；二是在理論研究實力較強的基礎上，加大對策研究和戰略研究的力度；三是開拓向政府輸送研究成果的渠道；四是劃撥專門經費鼓勵研究機構開展智庫工作。
綜上所述，中央提出智庫建設的方略，並不意味著所有研究機構和研究人員都要一股腦地轉向應用研究。基礎理論研究絕不應該因為智庫的發展而荒廢，致力於基礎理論研究的學者也不應被強迫轉向應用研究。現在有不少研究人員對智庫建設表現出抵觸情緒，這與不合理的一窩蜂的智庫建設以及研究機構負責人的野蠻政令是有關係的。對此，一方面，科研管理機構要做好統籌，使科研機構明確自己在新形勢下的分工；另一方面，科研機構自身也要認清自己的特色和專長，在保持自己研究優勢的基礎上有的放矢地進行智庫建設。
二、提高智庫獨立性 充分發揮其外腦功能
對於這三類智庫來說，獨立性的問題也是非常突出的。
新中國成立後，我國仿照蘇聯構建了政府計劃、全額撥款、通過行政審批進行管理的科研體制。[5] 長期在該體制下運轉，缺乏獨立性成為我國智庫目前廣受詬病的問題之一。那麼，對於智庫來說，獨立性究竟意味著什麼呢？
各國智庫對“獨立性”的理解不盡相同。美國智庫最強調獨立性，熱衷於宣揚智庫獨立於政府的身份；資金上私立化特征明顯，僅有15%左右的智庫接受政府資助；大多數智庫宣稱不預設政治立場，如美國布魯金斯學會甚至鼓勵在學會內部出現截然相反的聲音，或對外發表針鋒相對的觀點。[6] 而在歐洲，政府出資的智庫不勝枚舉，如德國萊布尼茨學會下屬的智庫，獲聯邦政府和州政府全額撥款。雖然接受政府資金，但政府無權干涉其研究方向和研究內容。一些研究機構，如英國的查塔姆社和德國的全球與地區問題研究所，甚至不接受政府委托課題，以此宣告自己的獨立性。在韓國和日本，很多重要智庫不但由政府出資興建，而且在行政上也隸屬於政府。這些智庫則更多地追求研究的自主性。[7]
是要追求資金的獨立，還是要追求組織的獨立，抑或是要追求思想的獨立？[8] 其實，從各國智庫的發展歷程來看，無論哪個國家，都要經歷因決策需求由政府籌建智庫到智庫逐漸脫離政府的過程。之所以各國智庫展現出不同的形態，是因為各個國家的智庫發展處於不同階段。綜合各國智庫發展歷程，思想獨立性應是智庫追求的根本方向，而資金獨立性與組織獨立性則是實現思想獨立性的手段。
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