從資金獨立性與思想獨立性的關係來說，歐美智庫建立了比較嚴格的制度。筆者在歐美多家智庫調研時，幾乎每家智庫都會著重強調，它們會與出資人簽訂協議，明確出資人無權干涉智庫的研究內容、研究方法、研究結果和成果發表的範圍及形式，有些智庫甚至不允許出資人指定將資金用於哪個研究領域或課題。如果出資人不能接受這樣的條件，無論資金多麼豐厚，智庫也不會接受。為了免受巨額資金的誘惑和掣肘，少數智庫明文規定不接受大企業的捐款。[9]還有一些智庫採取分散出資方的方式規避獨立性受衝擊的風險，即尋求盡可能多的出資方，規定每家出資方的出資比例不能超過智庫年預算的某一較小比例，如在比利時的布魯蓋爾，這一比例為5%；英國的查塔姆社則有200多個出資方。這樣，即使有一些出資方因為不滿意研究結論而撤資，也不會對智庫的運轉產生決定性的影響。[10]隨著我國智庫資金來源的多元化，這樣的制度也應盡快建立起來，這是保證智庫研究獨立性的一個重要前提。
從組織獨立性和思想獨立性的關係來看，作為智庫，與政府建立緊密的聯繫、順暢的溝通渠道是非常必要的，但要注意從思想上、制度上劃清“內腦”和“外腦”的界限。以中共中央政策研究室為代表的黨政機關內部的研究部門屬於“內腦”，它們的功能應是政府的“筆杆子”和“傳聲筒”；而作為“外腦”的智庫，在功能上應有所區分，要有外部的視野，不同的聲音，如果只是跟著喊口號，就失去了建設智庫的意義。如果把智庫界比作“思想市場”的話，只有商品的種類足夠豐富，市場才能繁榮。
另外，這三類智庫也應明確，與政府部門或媒體不同，研究人員雖然受聘於某一智庫，但其觀點只代表個人，而不代表其所在機構，智庫也無須要求用同一種聲音一致對外。這種理念和制度對於保護研究人員的思想獨立性是很有幫助的。中國一些高校智庫在這方面做得比較好，如北京大學國家發展研究院，提倡和而不同，鼓勵學者討論甚至爭論，即使對於“政府在經濟活動中發揮的作用”這樣的重大命題，學者們也照樣會公開發表針鋒相對的觀點。[11]
在現階段，中國智庫的思想獨立性應主要體現在研究方向、研究內容、研究方法和研究結論的自主性上，要盡可能避免在研究中受到非科學因素的干擾。在未來，則要從制度上對此有所規定，使智庫能夠更充分地發揮資政建言功能。
三、加強智庫人才培養 完善智庫評估監管體系
這三類智庫大部分是從傳統研究機構轉型而來的，目前仍然缺少真正意義上的智庫專家。之所以這樣說，是因為傳統研究機構的學者還不能直接和智庫專家劃等號。
僅從一些表面現象來說，研究人員習慣於在發表研究成果時盡可能使用“學術語言”，彰顯學術性，而不在乎決策者和公眾是否能夠看懂；這三類智庫均受政府領導，其學者習慣於為保持“政治正確”而等到政策公布後才對其進行解讀。這些都使得智庫的影響力大打折扣。
此外，智庫專家還要扮演政府與公眾溝通者的角色。目前中國智庫的研究人員普遍對“上”有餘而對“下”不足，對委托課題和批示看得很重，卻缺乏主動向公眾解釋政策、闡釋觀點的責任感，這一點在官方智庫身上體現得最為明顯。
筆者調研中還發現，雖然我國很多科研機構在智庫建設大潮中積極轉型，但大多數學者還沒有做好轉變為智庫專家的準備，甚至沒有轉型的願望。產生這種現象的主要原因是智庫人員評價體系沒有跟上智庫建設，影響了智庫研究人員的晉升和待遇。目前，這三類智庫，特別是社科院和高校系統智庫仍然使用傳統科研機構的研究人員評價體系，重視學術成果而輕視資政工作，無法完全覆蓋智庫工作的各個方面。
美國企業研究所在對研究人員進行考核時，因認為學術論文對公共政策的影響力十分有限，從來不計算研究人員發表學術論文的數量。[12] 中國現代國際關係研究院、國務院發展研究中心等官方智庫也都有自己的專業人員考核體系，發表學術論文甚至不計入工作量。[13] 這為我們提供了一個思路：制定智庫研究人員評價標準時，要敢於將智庫與普通研究機構分別對待，這將有利於研究人員向智庫專家的轉型。
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