在菲律賓政府對仲裁庭最終裁決“賦予”的權利未放棄的情況下，此裁決是客觀存在的；在中菲南海核心爭議（南沙部分島礁的領土爭議和海域劃界爭議）最終解決前，也是不會自動消亡的。所以，其影響將是極其惡劣和中長期的。對此，我國必須有清醒的認識並應引起高度重視。
南海仲裁案最終裁決的後續影響，主要為：
第一，嚴重地損害《公約》體系的權威性和整體性，破壞《公約》的立法宗旨和目的，損害國家自主選擇爭議解決方法的權利，尤其是對國家作出排除性聲明事項有無管轄權的不可預見性，使國家對《公約》體系失去信心。同時，在國際社會也將呈現對歷史性權利與《公約》之間的關係、島嶼新三要件論等的爭議景象。
第二，影響國家間通過雙邊和多邊文件延緩爭議的應有作用。因為仲裁庭將雙邊或多邊的“協議”，狹義地解釋為“法律協議”的觀點，使國家間利用此方法達成共識的意願減少，信任措施無法提升和落實，從而使爭議問題的解決更為困難。
第三，在仲裁庭最終裁決的“權利”無法得到滿足的情況下，菲律賓或其他國家勢必會對執行裁決作出多種反應，以壓使中國遵守執行，為此，它們可能在國際組織包括在聯合國安理會、聯合國大會上提出要求中國遵行最終裁決的議案，使中國處於政治外交嚴重不利的圍攻態勢，損害國際形象，惡化外交關係。
第四，他國仿效菲律賓的做法，包括在南海、東海問題上不斷提起對中國進行仲裁或司法的程序，以穩固自身更多的海洋權益，為此，中國將處於是否繼續堅持“不接受、不參與”政策選擇和挑戰的困境。
第五，某些國家尤其是美國將依據所謂的最終裁決增加在南海的行為和活動，包括單獨或聯合他國的方式實施所謂的航行自由活動，增強對我國在南海的安全威脅和應對難度，呈現持續的南海法理應對困局，出現軍備競賽的情勢。
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