馬英九離開陸委會後，雖然歷任陸委會主委都不是由“行政院”副院長“高職低配”兼任（張京育是“行政院”“政務委員”調任，但“政務委員”是部長級，不像大陸的國務院國務委員是屬於“副國級”，因而是屬於平調），但仍保留一個主委為“特任”副主委，亦即陸委會擁有兩名正部長，顯得比其他更重要的部會還要“特殊”。現在，“組織法”（草案）倘獲得“立法院”院會通過，其組織架構就像其他部會一樣，是兩名政務副主委，一名常務副主委。雖然都是簡任第十四職等（即副部長），但有所不同，前者是政務官可以隨時調派教授、黨工之類出任，與政黨以至是主委“同進退”；但常務副主委則是文官，只能是由編制內公務員出任，即使是再次發生政黨輪替，甚或不是政黨輪替，只不過是“總統”、“行政院長”更替，也不會連同政務官“一鍋端”。這就將能維持陸委會的業務延續性和穩定性。
當年馬英九之所以“屈就”陸委會特任副主委，是因為在陸委會成立之前，馬英九是陸委會的前身－－“大陸工作會報”的專職工作人員，較為熟悉兩岸事務的情況。其實，馬英九在出任蔣經國的秘書時，就奉蔣經國之命，研擬了開放老兵赴大陸探親的“穎考專案”，從而打開了兩岸交流的大門。
陸委會“正規化”後，可能會給對岸提供一個機會，就以陸委會是如同“交通部”、“經濟部”那樣的行政機關，因而不再給予提供“優惠待遇”，大陸的媒體在報道陸委會時“恢復”加上一個引號，或不直接報道其稱謂，而是“台灣方面主管兩岸事務的行政機構”。而且，要恢復與國台辦的直接聯繫機制，可能就將會更困難了。就像馬英九當政之前的“從事同一項工作卻老死不相往來”。 |
