現時香港智庫存在的主要問題，包括以下五點：
社會泛政治化：現時香港社會高度政治化，智庫往往成為各陣營打擊的對象。尤其在網絡平台上，往往不是以某項政策或建議的可行性等作評論，而是以提案機構被認定的政治立場作審查及批駁。長遠來看，社會未能就公共政策作理性討論，通常是為反對而反對，這將不利智庫的長遠發展。
資金來源的限制：現時香港社會對智庫不設附加條件的捐款少之又少。帶有政治目的或商業目的的捐款，則導致智庫受金主的影響或支配，令智庫未能發揮科學客觀的研究，也未能因應社會發展或公共利益的需要決定研究項目。令部分有價值的研究可能變成“不能做”、“不敢做”或“不能發表”，削弱智庫的中立性及科學性，長遠損害智庫的社會公信力。此外，社會泛政治化令商界不願意向智庫捐款，進一步縮窄智庫的籌款空間。社會上亦未能形成向智庫捐款的氛圍，限制了香港智庫的發展壯大。
成果不被政府採納：回歸20年來，特區政府一直不太重視智庫的發展，對智庫發展關注不足。除中央政策組外，政府未有相關政策和資源去支持民間智庫的發展。由於政府不重視智庫發展，智庫所發表的研究成果，很少獲得政府的採納，這嚴重削弱了智庫的社會價值，窒礙智庫的發展空間。
人才不足：智庫由於資源不足，未能提供優厚的條件吸引和挽留優秀人才；由於政府不重視智庫發展，社會上視政策研究為“冷門”工作，發展前景不明朗，令優秀人才不願投身此行業，導致智庫人才不足，形成惡性循環，對智庫發展造成極大影響。
智庫規模小、合作少：由於起步較慢，發展不成熟，規模較小，又有各自的定位及研究方向（各自為政），未能形成合力或資源共享。導致不同智庫往往都在進行相同的研究課題，造成資源重疊及浪費。
我再談一談香港智庫的優勢與發展空間
第一，雖然香港智庫發展存在不少問題和困難，但仍然有自身的優勢：
資訊流通自由度高：香港是經濟發達城市，國際化程度高，資訊自由流通，出版及言論自由、互聯網暢通全球，中英同為法定語文，令香港很容易得到世界各地的資訊，有利智庫的發展。 |
