在財產權益保護方面，學校應當保護學生的財產權利，不得採用毀壞財物的方式，對學生進行教育管理。因管理需要暫扣學生物品的，應當在影響消除後返還學生或者其家長，暫扣時間超過一個月的，應當告知家長。暫扣時間最長不得超過一個學期。學校不得違反規定向學生收費，不得強制要求或者設置條件要求學生及家長捐款捐物、購買商品或者服務，或者要求家長提供物質幫助、需支付費用的服務等。
在保護制度方面，意見稿提及體質管理、心理健康、教師管理、校車管理、網絡管理等十二項規定。針對體質管理，學校應當建立學生體質監測制度，發現學生出現營養不良、近視、肥胖等傾向或者有導致體質下降的不良行為習慣，應當及時進行管理、干預。
此外，針對網絡管理方面，學校應當禁止學生攜帶手機等智能終端產品進入學校或者在校園內使用，對經允許帶入的，應當統一管理，禁止帶入課堂。學校為學生提供的上網設施，應當安裝未成年人上網保護軟件或者採取其他安全保護技術措施，避免學生接觸不適宜未成年人接觸的信息；發現網絡產品、服務含有危害學生身心健康的信息的，應當立即停止使用並向主管部門報告，可能涉嫌違法犯罪的還應當向公安機關報告。
在教師管理方面，學校應當管理和監督教職工不得利用職務便利實施相關行為，如向學生推銷或者要求、指定學生購買特定輔導書、練習册等教輔材料或者其他商品、服務；組織、要求學生參加由其組織、參與或者有利益關聯的校內外有償補課，或者與校外機構、個人合作向學生提供其他有償服務等。
意見稿還就特別保護提出八條相關規定，包括預防欺凌教育、預防機制、欺凌制止、欺凌關注、欺凌處置、防治性侵、入職查詢等。要求學校落實法律規定建立學生欺凌防控、預防性侵害、性騷擾等工作制度，建立對學生欺凌、性侵害、性騷擾行為的零容忍處理機制。在入職查詢方面，學校應當嚴格執行入職報告和准入查詢制度，在聘用教職工或引入志願者、社工等校外人員時，應當要求相關人員如實報告本人是否存在違法、犯罪行為及其他不適合從事未成年人教育工作的不良品行，並提交承諾書。
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