一是問下不問上。如有的上級單位將監管權、監督權、執法權等權力，以人手不足、事多繁雜等為由，交由基層政府特別是鄉鎮政府履行。這種情況下，基層政府執行上級部署的各項任務，實際上是受上級委托而為之，決策權仍在上級。但出了問題之後，一些問責只對基層政府和具體執行任務的人員問責，卻不問上級單位和相關領導幹部的責任，問下不問上，導致權責不對等。
二是邊界不清晰。關於問責的對象，問責條例中有明確規定，有的地方卻把追究直接責任的案件當成問責案件，把不適用問責條例的情形也用問責處理，存在對象邊界不清晰、性質認定不精準的問題。如有的把單位負責人個人參與公款旅遊違反中央八項規定精神問題也作為問責案件處理，導致邊界模糊。
三是把握不準確。問責是政治性、政策性很強的工作，必須堅持實事求是，依規依紀、精準實施。而實踐中，有的錯誤理解和執行“快查快處”要求，調查不深不實，出現簡單粗暴、生拉硬拽、刻意拔高等情況。
四是程序不規範。問責條例關於問責程序如何啟動、如何辦理都有嚴格規定。然而，有的黨組織和領導幹部卻搞主觀臆斷，一問責就要追究紀律責任，一追究紀律責任就馬上要結果，不按程序規定和要求，導致問責失去了程序保障。
五是整改不落實。問責與整改，是手段與目的的關係，問責的目的就是鞭策、激發黨員幹部擔當作為，推動解決問題，取得工作實效。然而，有的卻本末倒置，問責後沒有提出改進工作的意見建議，一問了之，甚至用問責代替整改。如有的在上級部門檢查工作後，把問責幾個人作為應付檢查的方式，至於問題如何解決、由誰整改，卻無人問津。
王瑞瓊：問責是全面從嚴治黨的利器。“動員千百遍，不如問責一次”“有權必有責、有責要擔當、失責必追究”。高懸問責利劍，劍指黨員幹部擔當“塌肩膀”、幹事“軟無力”的弊病，通過有效問責能促進各級黨組織、黨的領導幹部負責、守責、盡責，踐行忠誠乾淨擔當。但若是濫用問責或者在問責工作中嚴重不負責任，不但不能發揮問責激勵擔當的作用，還會挫傷黨員幹部幹事創業積極性。新修訂的《條例》在第十章“對違反工作紀律行為的處分”中增寫第一百三十七條，專門對濫用問責或者在問責工作中嚴重不負責任違紀行為作出處分規定，具有重要實踐意義。
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