3.台資企業轉型升級困難重重。近幾年來，隨著國內外經濟情勢的變化，過去台資企業靠“代工”經營的模式面臨挑戰，如生產成本高、用工成本高、融資成本高和稅收負擔重等問題。面對以上經營困難，台資企業必須轉型升級，否則將面臨生存問題。但受客觀經濟環境的影響，台資企業轉型升級困難重重，主要包括：一是，是否有充足的資本；二是，是否有足夠的技術支撐；三是，是否有強有力的外部援助，如政府出台相應的配套措施等。促進台資企業轉型升級，是台商、政府以及社會層面都需要思考的一個重要問題。
（三）非經濟層面的挑戰
兩岸經貿關係絕非單純的經濟關係，還要受到非經濟因素的影響。主要包括：一是島內部分民眾對兩岸經貿存在疑慮，並且這種疑慮在島內始終存在；二是島內政局變化的不確定性給兩岸經貿帶來挑戰；三是美國實施“亞太再平衡戰略”，增強了兩岸經貿的難度和不確定性。
四、面向未來、深化合作
回顧過去三十年的兩岸經貿關係發展歷程，一個顯著的特點即中國大陸經濟是推動兩岸經貿發展的強大動力，展望未來，大陸的發展仍然是決定兩岸經貿發展前景的關鍵因素。經過近三十年的高速增長，大陸經濟目前進入了新常態，亦即經濟增長速度從高速向中高速轉變，產業結構及技術水平從低水平向中高水平轉變，轉變在增長方式和提升經濟發展的創新能力是其核心。為此，大陸以進一步深化體制改革和加大對外開放力度作為推動力，深化體制改革和加大開放力度將會在產業准入、簡化審批等方面給兩岸經貿合作領域的拓寬及效率的提升帶來新的契機，將會有助於有效解決台資企業在大陸發展過程中的歷史遺留問題。
另一方面，大陸經濟即將迎來十三五規劃的新的發展時期，怎樣利用這一機遇把兩岸經貿合作有機地融入大陸未來發展趨勢中，互蒙其利，造福於兩岸民眾，這是進一步推動兩岸和平發展的核心內涵。為此，針對兩岸經貿發展過程中面臨的挑戰和存在的問題，應該立足兩岸關係的全局，通過理念和政策的創新，形成各方協力，共同促進兩岸經貿發展。
（一）通過區域創新與經濟整合，兩岸攜手共同融入全球經貿格局
當前全球經貿格局面臨著自1994年烏拉圭回合談判結束以來最大的一輪重構，其涉及範圍之廣、涵蓋領域之新、改革力度之大，實為罕見。在新一輪的全球經貿重構過程中，大陸不再僅僅是全球經貿規則的接受者，而是以建設者的角色參與到全球經貿規則的重建，不斷體現“中國身影”、發出“中國聲音”。在當前全球經貿格局重構的大背景下，兩岸經濟整合是必然趨勢。欣慰的是，兩岸經貿已有了較好的合作基礎，但如何維持並不斷推進兩岸經貿合作，需要新的機遇、新的理念。可巧的是，當前大陸提出的“一帶一路”和自由貿易區等區域創新戰略，為兩岸經貿整合提供了重大機遇。如何理性看待、切實把握和有效利用當前機遇，是需要兩岸同胞共同思考的問題，可從以下幾個方面考慮：一是消除兩岸經貿合作疑慮；二是科學評估當前區域創新戰略所帶來的利潤空間；三是構建能夠務實有效地促進兩岸區域整合的體制、機制。
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