另一方面，台灣方面航空公司的新增航班，包括北京、深圳等航點，大陸核准的飛航時間帶為深夜一點至三點的時段，也就是所謂的“紅眼航班”，這時間不僅對於旅客極為不便，對於航空公司也形同是無效航班，可以想見機票銷售的情況會受限於時間不佳。除此之外，兩岸更有所謂的“幽靈航班”，也航線但無航班的情況，這些問題都有待一一解決。
不久前的廈門談判，雙方一致同意應該讓新增航班儘速上路，海西增班二十班將包含現有班次；至於北京、深圳飛航時間帶，大陸承諾將盡力協調，未來除非業者願意，否則不會有凌晨一點至三點的“紅眼航班”；另外雙方每週各一百三十五個航班班機起降的時間仍維持現狀，不會再發生被挪到較差的飛航時段，使發生有飛機但沒旅客的情況。
對於兩岸直航等相關談判，從結果來看似乎又有大陸讓利的影子，但實際上，則是兩岸互惠雙贏。對大陸來講，亦有相當大的好處，台灣是許多大陸同胞出國觀光的熱門景點之一，隨著兩岸三通直航，陸客來台人數不斷增加，根據台灣“觀光局”統計，今年上半年來台旅客，大陸佔八十四萬人次，較去年同期的四十七萬人次，成長百分之七十七點八，平均每天四千六百四十一人次，足見大陸同胞對於台灣的嚮往，未來增加航班，避免“紅眼航班”，不只是台商受惠，大陸同胞當然也同蒙其利，可以享受便利的航班及便宜的票價。
對於台灣來說，航班爭議解決，除了便利雙方人民往來，越來越多的陸客，也意味越來越多的觀光創匯，據台灣“觀光局”統計，去年來台陸客，每人每天消費二百三十二點一一美元，其購買力比其他國家的觀光客都強，每人每天平均花費一百一十七點五美元，這樣的數字顯見大陸觀光客的消費力實不容小覷，更替台灣經濟發展帶來相當大的助益。
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