然而，在兩岸事務主管部門、執行決策之最高領導互訪中，仍有幾項需要注意：
一、必須有來有往：大陸國台辦主任等領導能夠訪台，同樣地，“陸委會主委”及相關業務長官亦能訪陸，在雙方有來有往的情況下，方能彰顯其效果，達成直接溝通交流的目的，以便能夠正確建議、確實執行，準確傳達意見。
二、必須要在對等、互惠及兼顧尊嚴的情況下進行：所謂的對等不只在形式上，也表現在實質上，更是揚棄在口頭及實質上涉及到敏感爭議雙方關係爭執；所謂的互惠便是要創造雙贏局面；至於兼顧尊嚴，基本上就是不為難對方，在最高智慧與理性的趨使下，規避敏感難解的爭議，使雙方不致於難做人。
三、必須在公開環境下進行：透過媒體及各項輿論監督，使各項訊息及焦點都透明在大眾面前，以避免無端爭議產生不必要麻煩；當然仍可保留一些私人空間，只要不以私害公即可。
四、必須要象徵意義與實質意義兼顧：雙方主管業務之最高負責人互訪，不只帶來新形勢下的政治關係發展，恐怕實質直接瞭解問題、反映意見、溝通想法、帶回深入研議等實質意義也必須兼顧，如此才能發揮最大的功能。
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