明清兩代，閩台兩地有關航海和媽祖的文獻里關於“船仔媽”的記載，包括了明代著名學者謝肇淛《五雜俎》（1616）、清代著名學者袁枚《子不語》（1788）和姚元之《竹葉亭雜記》（1893）里的相關記載。
據文獻記載和田野調查，海上船舶供奉媽祖的場所有“神堂”、“天妃堂”、“祠”等名；有的場所除供媽祖外還有從祀神；多數場所有“高香長燭”、“香楮”、“占蔔用器”，有“香公”、“朝夕焚香楮”之人或“司祀神者”，又有舟子和舟客為其相對固定的“香客”，儘管這些場所址在海上、艙中，卻不能不認為媽祖廟。
從媽祖廟的分布來描述媽祖信仰的盛況和傳播情況，這是媽祖文化研究中相當常見、也相當合理的思路，如果我們將海上船舶供奉“船仔媽”的現象考量在內，我們至少會發現：閩台海上的媽祖廟也是媽祖信仰的傳播管道，有時信民是通過這個管道接近和接受媽祖信仰的。例如，明清兩代出使琉球的官員和隨員，他們在入閩以後、出使途中親聞、親見和親歷了“船仔媽”的“靈異”情節，返航後捐資修廟、請賜封號、報功還願、彰揚聖跡，成了媽祖的虔誠信民和媽祖信仰的熱心傳播者。台灣的媽祖宮廟，有的是因“船仔媽”隨渡海的移民、官兵登陸而建的。
在閩台海上的水神里，媽祖定於一尊而海上船舶多供而奉之、眾神亦屈尊從之。然而，在福建內河的水神里，各水神分管各處險灘，媽祖並無至高無上的地位。
所以然者何？福建內河水神廟的分布同內河航道的險灘直接相關，質言之，福建內河水神勢力範圍的劃分有可以標識的自然物為界。在閩台海上，四望唯水，茫無畔岸，水神的勢力或影響所及，無法實現由此及彼的平面劃分，卻易於形成自下而上的立體譜系。我想媽祖同水上眾神的關係和同水上船舶的聯繫竟因河、海而異，這可以是一種解釋。
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