清代以降，使錄更進一步明載中琉兩國之間的黑水溝
（即今之沖繩海槽）為“中外之界”。另清同治2年（西元1863年）官修鑄版的《皇朝中外一統輿圖》也將釣魚台列嶼列入中國版圖中。
外國地圖亦同。乾隆50年（西元1785年，日本天明5年）日本人林子平刊行的《三國通覽圖說：琉球三省並三十六島之圖》，將釣魚台列嶼與中國同繪為紅色，而與琉球三十六島的淡黃色不同，以說明釣魚台列嶼屬中國，而非琉球領土。
明嘉靖年間，我國東南沿海倭寇（日本海盜）為害甚烈。嘉靖40年（西元1561年）鄭若曾的《萬里海防圖》將釣魚台列嶼列入；嘉靖41年（西元1562年），明朝抗倭最高統帥兵部尚書胡宗憲將釣魚台列入《籌海圖編》的“沿海山沙圖”，納入我國東南海防體系。有明一代，固係如此，清朝亦同。隨著台灣於康熙22年（西元1683年）正式納入清朝版圖，釣魚台亦成為清朝版圖中的台灣附屬島嶼。清代禦史巡察的報告與地方編修的福建省及台灣府之地方誌，為我方論證中最具有權威性的歷史文獻。
清康熙61年(1722年)巡視台灣的禦史黃淑璥所著《台灣使槎錄》卷二《武備》列出台灣府水師船艇的巡邏航線，並稱山后大洋北，有山名釣魚台，可泊大船十餘。“山后大洋北有山名釣魚台，山后大洋北，可泊大船十餘”。換句話說，那個時候台灣的水師（就是現在的海軍），就經常派船去巡邏釣魚台了，而且記載得非常清楚。這項資料一直被後世海防的文獻轉錄，這是最有說服力的證據之一。因為如果不是領土，怎麼會長期納入海防巡邏點呢？
乾隆12年(1747年)范成《重修台灣府志》及乾隆29年(1764年)余文儀《續修台灣府志》均全文轉錄黃淑璥的記載。同治10年（西元1871年）陳壽祺的《重纂福建通志》皆記載不僅顯示釣魚嶼於清代納入海防巡邏據點，更將釣魚嶼明載於“卷八十六：海防：各縣衝要”，並列入噶瑪蘭廳（今宜蘭縣）。從方志的“存史、資治、教化”性質而言，清代地方誌書對於水師巡航泊船於釣魚台的記載，除了是歷史紀錄，亦為清代統治持續不斷的政策依據。上述地方誌足以證明釣魚台為台灣的附屬島嶼。
中、日、琉外交文書中均確認琉球領域不含釣魚台列嶼。清光緒5年（西元1879年）日本廢琉球藩為沖繩縣前夕，琉球紫金大夫向德宏在覆日本外務卿寺島函中，確認琉球為36島，而久米島與福州之間“相綿亙”的島嶼為中國所有；光緒6年（西元1880年）日本駐華公使向清朝總理衙門提出之“兩分琉球”擬案中，證明中、琉之間並無“無主地”存在。
日本人對於釣魚台早有野心。清朝末年，國勢積弱不振，日本自西元1879年正式併吞琉球後，即積極擴張領土，但清廷基本上並沒有不太注意釣魚台。根據現存於日本外務省外交史料館、國立公文館、以及防衛省防衛研究所附屬圖書館的相關文件可知：自西元1885年（明治18年）起，日本明治政府即開始圖謀侵佔釣魚台列嶼。那時琉球石垣島有一個人叫做古賀辰四郎，他向沖繩縣令（知事）申請開發釣魚台列嶼。當時日本的內務大臣山縣有朋，是一個軍國主義者，他密令沖繩的縣令（知事）西村捨三到釣魚台勘查並設置國標。但西村捨三看了之後發現，這三個島早已都有中文名稱，而且在琉球有名的史書《中山傳信錄》裡面寫得清清楚楚，是中國人命名的。所以他回報山縣有朋，說明狀況，建議暫緩。
山縣有朋因此徵詢外務卿井上馨的意見，井上馨倒是非常瞭解中國的情況，他說一方面釣魚台有中國的名字，二方面最近中國的報紙有談到這個事情。那即是在1885年9月6號的上海〈申報〉，有一則大概不到五十字的消息“台島警訊”，上面寫著“日本欲佔據台灣近傍清國所屬島嶼”的報導，乃未敢妄動，遂以極密函件“親展三十八號”告知內務大臣應“俟他日為宜”；且為免“招致清國猜疑”，並要求勘查之事“均不必在官報及報紙刊登”。勘查立標之事，到此暫時作罷。該文件是明治18年的日本外交文書，現在都解密了。這是1885年的事情。釣魚台易手的時機，也因此遲了十年。
1894年甲午戰爭爆發。當年10月，中國的軍隊在海上陸上都已大敗，日本奪取釣魚台的時機成熟。第二年(1895年)1月14號，日本內閣開會，古賀辰四郎租用釣魚台的建議又經過沖繩轉到了內務省，此時內閣就決定通過兼併釣魚台了。依往例，日本人兼併領土的時候，按規定都是要天皇發布敕令，周知全世界，但這一次卻沒有任何公開的動作。
1985年4月，李鴻章跟日本首相伊藤博文在春帆樓簽定
了馬關條約割讓台灣。6月，由李鴻章的兒子李經方跟當時日本的海軍大將，也是台灣第一任總督的樺山資紀在淡水外海日本軍艦上辦移交，在移交的時候，也非常意外的沒有用經緯度畫出台灣澎湖的範圍，其目的自然是隱含釣魚台在內。但一直到那個時候，樺山資紀竟然都還不知道日本內閣已經決定要在釣魚台設立國標，可見內閣決定保密的程度。等到到了1902年的時候，日本才以天皇敕令把釣魚台列嶼正式併入日本領土。所以由釣魚台兼併的過程來看，馬英九指稱日本“竊佔”釣魚台列嶼是完全正確，一點也不冤枉它。
（三）國際法的依據
在台北的中華民國政府主張的主要國際法論點有二：
第一、釣魚台列嶼為我國固有領土，由中國人發現、命名、先佔，明清兩朝近六百年有效統治，納入海防，歷史證據充分；第二、釣魚台列嶼併入日本領土，係中日甲午戰爭台澎割讓日本後之結果。因此當戰後日本歸還台灣給中華民國之後，釣魚台自應一併歸還。
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