10月中旬，馮玉祥突然背叛了吳佩孚，他命令自己的部隊掉轉頭來向北京進軍。10月25日，馮王祥的部隊占領了北京，吳佩孚被趕出北京。在馮玉祥的幫助下，張作霖又弄到了幾個頭銜。此外，馮玉祥還將自己的一個傀儡扶上了總統的寶座。
為什麼馮玉祥會背叛吳佩孚呢？詹姆斯.E.謝裡登為我們提供了這個問題的答案。他以歷史學家的手法再現了馮玉祥的一生，認為馮玉祥既不滿意自己所得的報酬，也不滿意自己在與吳佩孚的聯盟中所扮演的次要角色。謝裡登認為，除此之外，還有別的因素，日本人也曾用金錢來誘使馮玉祥背叛吳佩孚，因為北京的政局變化符合他們的利益。
由於北方發生了這些變化，孫中山認為現在又有機會來實現他建立一個民族主義的民主共和國的理想了。這時，剛剛背叛了吳佩孚的馮玉祥向孫中山發出了去北京的邀請。孫博士是否應該接受邀請呢？在孫中山接到邀請時，他所面臨的形勢並不樂觀，他的觀點早已廣為人知，而北方軍閥根本就不接受這些觀點。
這些軍閥最不能接受的一條就是：他們應該下台，接受制憲政府的領導。此外，北方的親日勢力十分強大。因此，等待孫中山的既有爭吵，又有危險。
於是，孫博士將他的追隨者召集到廣州開會，想聽聽他們的意見。這些人都想說服孫中山不要北上，但他為了完成自己崇高的使命，仍決定去北京。1924年11月12日，孫中山起程前往北京。11月13日，孫中山乘坐的船只經過黃埔，當晚他在黃埔軍校過夜。他對蔣介石說：“我就要去北京了，是否能活著回來還很難說，不管怎麼說，我是去那裡進行鬥爭。看了黃埔軍校表現出來的精神面貌，我感到它能完成我的革命任務。這樣，我就是死也可以瞑目了。”
在孫中山起程北上之前，鮑羅廷曾邀請他去莫斯科訪問。孫中山就這件事徵求蔣介石的意見，蔣介石對此事的評價不高，他認為與俄國人的合作是中國爭取自由和獨立所必須邁出的一步，但共產黨總是抓住一些事情大做文章。如果孫中山去訪問莫斯科，那麼俄國人肯定會就此事散布一些有害的謠言。孫中山靜靜地聽著，不加評論。
孫中山的健康在北上途中急劇惡化，終於在天津臥床不起，但他在新年前夕又掙扎著離開了病床。他到達北京後又碰到了挫折，親日派根本就沒有像孫中山所希望的那樣拒絕簽署那些不平等條約，他們已經與列強交換了對那些條約的外交承認。
由於傷心失望加上癌細胞已擴散到他身體的要害器官，孫中山於1925年3月12日在北京逝世。他的逝世不但使他免於經歷更大、更令人心酸的失望，而且使他被追認為中華民國的國父，這個稱號既得到了國民黨的承認，也得到了共產黨的承認。
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