第二點是，要科學地廣泛深入地研究孔子。
在中國歷史上，尊孔是主流，但也有反孔的現象、反孔的歷史時期存在。無論是尊孔或反孔，都有個共同的缺陷，即搞的是一點論，而不是兩分法。我們現實的研究，不應當再步入“尊”和“反”的誤區，要堅持實事求是，尊重歷史，立足於孔子思想與活動的實際，把孔子作為科學探討的對象進行深入研究。
研究孔子，當然必須堅持辯證唯物主義和歷史唯物主義。孔子的學說反映了當時統治階級的利益和意志，孔子是他們的代言人和學術代表。但是，如果因此就全盤加以否定，未免簡單化、絕對化。照這樣的思維邏輯，很可能流於民族虛無主義。
研究孔子，還應當注重孔子本人的思想和實踐同後世加在孔子身上的東西這兩者的區別和聯繫。漢代五經博士塑造的孔子，宋明理學闡發的孔子，康有為筆下的孔子，乃至普通百姓心目中的孔子，與本來的孔子是不同的，甚至相去甚遠。中國人解釋的孔子與外國人解釋的孔子，更是很不一樣。利瑪竇等西方傳教士，用孔子的某些學說宣揚他們的教義；法國百科全書派認為孔子的某些學說近於唯物論和無神論；德國的古典哲學家卻從孔子那裡看到了辯證法。對於中外各種解釋孔子者，應當加以系統研究，但不能把他們的解釋當成本來的孔子。
因為孔子之學是個廣博、複雜、良莠並存的休系，後來對孔子的解釋、演繹又是五花八門，所以，研究孔子應當多層次展開。我對孔子基金會的學術研究活動，多次提出從以下五個方面展開：一是孔子本人的思想和社會實踐；二是孔子創立的儒學及其後世的演變；三是以儒家學派為骨幹的中國傳統文化；四是以中國傳統文化為輻射源的東方文化；五是東西方文化比較研究。當然，在研究中要注意這五個方面的相互聯繫，而不能割裂地孤立研究。
當代中國是中國共產黨領導的社會主義國家，馬克思列寧主義是指導我們思想的理論基礎。我們研究孔子，應當堅持和提倡以馬列主義、毛澤東思想為指針。同時，也要尊重他人用其他的觀點和方法獲得的有科學價值的成果，貫徹“雙百”方針，歡迎不同學術觀點的討論，繁榮有關孔子的學術研究。無論在國內或在國外，這樣做都很重要。這也是面向實際的科學態度。
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