從李濟向盟軍提交調查報告整整兩年之後，盟軍才給出了回覆。
日本外務省民間財產局，是二戰後歸還被侵略國物資的執行部門。在這份發給盟軍總部民間財產管理組的報告上，日本外務省民間財產局表示，頭蓋骨化石並沒有在日本被發現。他們同時還表示，1941年12月在秦皇島及其周圍駐扎的日本部隊的相關資料已經丟失，該部隊人員姓名和現在的地址不詳。這樣一來，中國方面通過調查駐扎部隊來尋找北京人頭蓋骨的線索，就此中斷了。
盟軍總部隨即向中國使團發出了公函，告知了這一情況。還作出了“一旦得到有關北京人化石的新情況，立即轉告”的承諾。
從1946年4月30日，中國駐日代表團向盟軍提交尋找申請算起，到1948年9月18日，盟軍總部返回官方權威的調查備忘錄，經歷了整整兩年半的時間，但一無所獲。在備忘錄中，美軍做出的追查北京人化石的承諾，也再也沒有下文。
如果北京人頭蓋骨沒有進入日本本土，莫非，它丟在了中國？
裝載有北京人頭蓋骨化石的軍用提箱，上面寫著美軍軍醫的名字。
威廉？弗利，二戰時期美國的軍醫，頭蓋骨出境的押運人，他是整個事件鏈條中最關鍵的人物。但他在哪兒？1941年12月8日之後，這個美國人就音信皆無。30年後的1971年，一個叫威廉？弗利的人在《紐約時報》上發表了一篇文章。
文章是這樣寫的：“12月8日，我在秦皇島被日軍逮捕，一周後被釋放回天津租界，之後，我收到了從秦皇島戰俘營寄回的行李，以及應該裝著北京人頭蓋骨化石的軍用提箱。我打開自己的行李，發現被人動過。這讓我感到毛骨悚然。第二天，我就把其中的兩只箱子送到天津的百利洋行和巴斯德研究所，而另兩只則交給我平時最信任的兩位中國人。”
據弗利回憶，後來他很快就又被日軍逮捕，所幸箱子已經都轉移出去了。弗利的回憶中有兩條線索，頭蓋骨可能有兩個去向，一個是在天津百利洋行和巴斯德研究所，另一個是在兩位中國人手裡。
根據弗利提供的這些線索，天津市公安局等有關部門在第一時間成立了專案組。專案組詢問了百利洋行天津分行和巴斯德研究所的所有老職員，得到的回答卻驚人的一致：“提箱？什麼提箱？我們從來沒有見過美國軍醫。”
而至於弗利所提到的那兩位朋友，專案組也找到了——兩人本是夫妻，之後勞燕分飛。女的去了上海，男的去了四川，幾十年天各一方，斷了來往，但兩人的叙述倒是相當吻合：當年，弗利是托付給了他們兩個箱子，其中一箱是醫療器械，另一箱是私人衣物和一些古董瓷器，外加500美元。絕沒有任何和化石，乃至骨頭相似的東西。在當時不可能互相通氣的情況下，兩個人叙說一致，可靠性應該不容懷疑，結論是：箱子裡裝的根本不是“北京人”頭蓋骨。
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