不少律師認為，由於《土地管理法》及《實施條例》尤其是補償程序對集體土地的徵收偏重於對農用地的考慮，而原《城市房屋拆遷管理條例》又明確表示僅調整國有土地上的房屋拆遷活動。在實踐中，大量存在的“城中村”拆遷問題成為法律真空，甚至有個別城市自行規定了既不依據《土地管理法》進行徵收審批和補償，也不按照國有土地房屋的市場價標準進行補償的“集體土地房屋拆遷制度”，造成了大量社會矛盾。為此，他們建議進一步明確徵收條例的適用範圍，避免集體土地上的徵收繞開法定程序，建議第四十一條改為：為了公共利益的需要，對集體土地上單位、個人的房屋實行徵收以及對被徵收房屋的所有權人（以下簡稱“被徵收人”）給予補償的，按照《土地管理法》、《土地管理法實施條例》中規定的法定程序進行。
遼寧智庫律師事務所律師陳文卿不贊成將集體土地上的房屋拆遷納入徵收條例。他認為，政府徵收集體土地上的房屋更側重保護被徵收人的後續生計，而不是基於房屋價值的所謂公平買賣。國有土地和集體土地上的房屋拆遷從程序、目的到對被徵收人的利益補償上都有不同，因此不宜合二為一。
北京同一源律師事務所律師孫光祥則認為，集體土地上的房屋徵收與國有土地上的徵收沒有本質區別，其徵收對象的價值完全取決於房地產市場價格，徵收農民的居所本身也不引起就業安置和社會保障的問題，因此不應區別處理。
公共利益界定之爭：“國家機關辦公用房建設”是否屬於公共利益
對於徵收條例制定中遇到的困難，國務院法制辦主任曹康泰曾經概括為三個方面，首當其衝的便是如何界定公共利益。徵收條例第三條首次以列舉加兜底條款的形式對公共利益做出界定，但其中列舉的一些屬於公共利益的事項也引起不小的爭議。
“國家重點扶持並納入規劃”的範圍有多大？與會律師認為，“國家重點扶持並納入規劃”措辭不夠嚴謹，所謂扶持是指發改委等部門予以立項還是指國家的產業政策？或是指由財政全額撥款的建設項目？規劃是指“城市規劃”還是“發展規劃”？
對於營利性公共事業是否屬於公共利益，與會專家和律師爭議也較大。謝惠定、陳文卿兩位律師和中央民族大學法學院教授熊文釗都認為，在市場經濟條件下，隨著投資主體的多元化，根據國家出資還是私人資本出資來判斷是否公益事業已不合實際，熊文釗甚至認為，商業性房地產開發只要能改善群眾的居住水平和城市環境，未嘗不是公共利益。而傳統上認為是公共利益的非營利性建設（如城市綠地），如果利用率過低，造成不必要的財政負擔，也不能算作公共利益。
徵收條例中規定國家機關辦公用房建設屬於公共利益，與會律師對此爭論激烈。江蘇周勇律師事務所律師周勇認為，需要明確納入公共利益的“國家機關辦公用房建設”的審批權限，不能說政府機關建房就是公共利益。孫光祥則直接否認國家機關辦公用房是公共利益，認為任何人和單位都有改善工作條件的需要，不能因為在裡面辦公的是政府官員，就成了公共利益，還有幾位律師對搭“機關辦公用房”之車，假“培訓中心、會議中心”之名，行“賓館、度假、休閑等娛樂場所”之實的現實狀況表示了憂慮。
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