商務部門：主管食品流通行業
根據商務部“三定”方案和《食品安全法》及其實施條例、《生豬屠宰管理條例》、《酒類流通管理辦法》等法律法規和規章，商務部作為流通行業主管部門，在食品安全方面主要有三項職責：
一是制定食品流通行業發展規劃和產業政策，採取措施推進產業結構優化，加強對行業誠信體系建設的指導，促進食品經營行業健康發展。
二是負責對生豬屠宰和酒類流通的行業管理；加強對生豬屠宰活動的監督檢查，推動生豬定點屠宰標誌牌、證書審核換發工作，依法把好定點屠宰企業市場准入關。
三是配合衛生部，做好食品安全風險監測和評估，制定食品安全國家標準規劃及其實施計劃，對食品安全國家標準執行情況進行跟蹤評價並適時組織修訂。
目前，商務部正穩步推進肉類蔬菜流通追溯體系試點建設。
工信部：管理食品工業行業
國務院批准的《工業和信息化部主要職責內設機構和人員編制規定》明確指出，工信部具有食品工業行業管理職責。
主要職能：一是制定合理科學的發展規劃和產業政策，進一步完善食品工業行業標準，指導企業完善內部質量控制和監測網絡以及食品質量可追溯體系；二是推進食品工業企業生產者誠信體系建設，以提高從業人員的道德、法律意識，規範企業生產經營行為；三是加強行業自律，開展食品安全知識的普及。指導協會發揮行業自律作用；四是加強食品行業相關基礎信息的統計和監測，建立食品工業質量安全、產品進出口動態的監測和預警機制等。
在食品安全分段監管中，工信部和質檢總局的監管對象都是食品生產企業，但是監管的方式和重點則有所區別。如果說質檢總局的監管方式主要是監督抽查，那麼工信部的主要監管方式則是管理指導。
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