除了附加津貼外，養老金問題也是輿論關注的焦點。
彭光華認為，現在機關事業單位工資制度也還存在著一些問題，事業單位在進行改革時，應該將養老金適當提高，向公務員看齊。汪玉凱也認為，隨著經濟的發展，老百姓生活水平的提高，應該把企業不合理的養老金適當提高。事業單位養老改革應照顧到社會整體的公平性，要把國家公務員的養老保障和事業單位的養老保障和企業職工養老保險這三者整體來考慮和謀劃，找到大體相對能夠平衡的點。
事業單位實施績效工資的同時，對離退休人員發放生活補貼。
此次即將發布的“崗位績效工資制度”進行的改革，只針對除義務教育學校和基層衛生機構和鄉鎮衛生院兩類事業單位的其他類事業單位，也就被業內人士看成這三步走中的最後一步。
根據2009年數據統計，中國有事業單位120多萬個，在職人員3000多萬人，離退休人員900多萬人。然而對於工資改革有兩種聲音，有聲音認為是為了漲工資，另一種則認為是財政為了甩包袱、降工資。
相關報道指出，國務院此前有關分類推進事業單位改革的做法，被評價為“甩掉兩頭，留下中間”。除公益性事業單位得以保留外，一部分被推向社會，朝著“自收自支”的企業方向改革，另一部分則被納入政府機構序列。
國家行政學院教授汪玉凱認為，績效工資跟以前的“大鍋飯工資”方式相比，更多是工資計算方式的變化，是一種相對規範和相對公平的方式。規範分配秩序，理順分配關係，不能簡單地理解為是漲工資。績效工資改革並不是以漲工資為基本目的，實行績效工資，財政是要出錢的。
此前，人力資源和社會保障部部長尹蔚民在解讀“績效工資制度”時就曾表示，事業單位實施績效工資不是簡單的漲工資，而是要同事業單位規範津貼補貼相結合，同建立事業單位工作人員的考核機制相結合，是建立一種新的機制和制度；此外，事業單位實施績效工資涉及人員多，單位數量多，非常複雜，是一個系統工程，“實施起來會有一個過程”。
即將出台的《事業單位崗位績效工資制度》涉及的主要是那些在分類改革中得以保留的公益類事業單位。按照國務院3月發布的《分類推進事業單位工資改革實施指導意見》，公益性質的事業單位被細分為公益一類和公益二類。在公益性事業單位中，承擔義務教育、基礎性科研、公共文化、公共衛生及基層的基本醫療服務等基本公益服務，不能或不宜由市場配置資源的，劃入公益一類。承擔高等教育、非營利性醫療等公益服務，可部分由市場配置資源的，劃入公益二類。也就是說，以後公益類事業單位的工資將由崗位工資和績效工資兩部分組成。
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