事實上，這場危機並不是以莫斯科的無條件外交退卻而結束的，而是雙方都做出了讓步。蘇聯從古巴撤出導彈，而作為交換，美國承諾不入侵古巴，並且從土耳其撤走“木星”導彈。出於很明確的原因，肯尼迪的人把“木星”導彈的秘密保守了近二十年，即使在那時也把它描繪成是一件小事。由於一些仍然令人費解的原因，蘇聯也保持沉默。哈佛大學的格雷厄姆.阿利森（Graham Allison）等學者多年來指出了真相，但他們的努力在那些討論如何逼退美國敵人的公共辯論或白宮會議上都沒有受到關注。
從一開始，肯尼迪的人就隱瞞了在“木星”問題上的讓步。10月27日，肯尼迪的兄弟、美國司法部長羅伯特.肯尼迪在會見蘇聯大使阿納托利.多勃雷寧（Anatoly Dobrynin）時就提出了“‘木星’導彈換蘇聯導彈”的建議。他對多勃雷寧說：我們會把“木星”導彈撤出來，但這不是協議的一部分，你們永遠都不能提及此事。蘇聯撤出了他們的導彈，美國也撤出了“木星”導彈，這個秘密保守了16年，直到阿瑟.施萊辛格（Arthur Schlesinger）的一本書中有一小段文字評論了此事。
4年後，肯尼迪的幾位主要顧問在《時代》周刊上發表文章談論20世紀的危機，其中承認“木星”導彈是協議的一部分。另外，為了削弱這件事的重要性，他們把“木星”說成是後來添上的東西，說肯尼迪早就想把它從土耳其撤出。之後他們的說法就完全自相矛盾了，他們承認對協議中有關“木星”的部分保守秘密非常重要，以至於洩密“會對美國及其盟友的安全產生爆炸性和毀滅性的影響。”
肯尼迪的助手們太著迷於他們凱旋的神話了，以至於他們中很多人在轉而反對這一原則以後很久還在宣傳這個神話。很多人最後都開始反對越南戰爭，而在肯尼迪遇刺身亡的時候，這場戰爭還在進行。他們都對軍事力量的價值和大國對抗產生了懷疑，開始努力倡導外交妥協。
但是直到1988年，他們中的一人才明確而公開地表示，他幾十年來都違心地支持這一原則，同時指出了它的代價。國家安全顧問麥喬治.邦迪（McGeorge Bundy）在他的《危險與生存》（Danger and Survival）一書中抨擊說：“這種保密有代價的。我們因為堅守‘木星’導彈方面的保證而誤導了自己的同事、國民、繼任者和我們的盟友”，使他們認為“在那個星期六，我們保持態度堅定就足夠了。”承認這一點花費了26年，但他們確實承認了。
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