（一）實行鐵路政企分開，完善綜合交通運輸體系。近些年，鐵路實現了跨越式發展，保障了國民經濟平穩運行和人民生產生活需要，但也存在政企不分、與其他交通運輸方式啣接不暢等問題。為推動鐵路建設和運營健康可持續發展，保障鐵路運營秩序和安全，充分發揮各種交通運輸方式的整體優勢和組合效率，有必要實行鐵路政企分開，加快推進綜合交通運輸體系建設。
《方案》提出，將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責劃入交通運輸部。交通運輸部統籌規劃鐵路、公路、水路、民航發展，加快推進綜合交通運輸體系建設。組建國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責，負責擬訂鐵路技術標準，監督管理鐵路安全生產、運輸服務品質和鐵路工程品質等。組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責，負責鐵路運輸統一調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔專運、特運任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任等。不再保留鐵道部。
考慮到鐵路仍處於建設發展重要時期，同時承擔很多公益性任務，《方案》提出，國家繼續支持鐵路建設發展，加快推進鐵路投融資體制改革和運價改革，建立健全規範的公益性線路和運輸補貼機制。同時，繼續深化鐵路企業改革，建立現代企業制度。
改革後，中國鐵路總公司統一調度指揮鐵路運輸，實行全路集中統一管理，確保鐵路運營秩序和安全，確保重要運輸任務完成，不斷提高管理水準，為人民群眾提供安全、便捷、優質服務。
（二）組建國家衛生和計劃生育委員會，提高出生人口素質和人民健康水準。我國實行計劃生育以來，計劃生育事業取得歷史性成就，有效緩解了人口對資源環境的壓力。近年來，醫療衛生事業取得顯著成績。當前，計劃生育工作需要在繼續穩定低生育水準基礎上更加注重提高出生人口素質，醫療衛生服務水準也需要不斷提高。為更好地堅持計劃生育的基本國策，加強醫療衛生工作，深化醫藥衛生體制改革，優化配置醫療衛生和計劃生育服務資源，提高出生人口素質和人民健康水準，《方案》提出，將衛生部的職責、人口計生委的計劃生育管理和服務職責整合，組建國家衛生和計劃生育委員會。主要職責是，統籌規劃醫療衛生和計劃生育服務資源配置，組織制定國家基本藥物制度，擬訂計劃生育政策，監督管理公共衛生和醫療服務，負責計劃生育管理和服務工作等。同時，將人口計生委的研究擬訂人口發展戰略、規劃及人口政策職責劃入發展改革委。國家中醫藥管理局由國家衛生和計劃生育委員會管理。不再保留衛生部、人口計生委。
改革後，堅持和完善計劃生育政策，要繼續堅持計劃生育黨政一把手負總責，繼續實施計劃生育一票否決制。國家衛生和計劃生育委員會要高度重視計劃生育工作，合理設置相關機構，充實工作力量，確保這項工作得到加強。地方各級政府要繼續加強計劃生育管理和服務工作，嚴格執行各項計劃生育政策，確保責任到位、措施到位、投入到位、落實到位。
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