大陸方面，基於兩岸關係的本質，不使問題國際化，故以國家聯盟為基礎的多邊架構不適用於兩岸而拒絕。台灣則須第三方的安全保證，傾向於多邊架構，而不接受與大陸建立雙邊的“軍事互信機制”，終使此議束之高閣。
2005年連戰的和平之旅，開啟了國共兩黨直接對話之門。就建立軍事互信機制的性質而言，從先前的多邊架構，拉回到純屬兩岸的雙邊架構。又因不改“軍事互信機制”之名，保有之前的延續性；大陸方面刻意使用“軍事安全互信機制”一詞，有別於原先的“軍事互信機制”，以彰顯其性質的改變。
雖然經由性質的改變，促進了兩岸的直接交流。但台灣方面少了美方的介入，亦少了原有的積極態度，開始以時機未成熟而躊躇不前。2008年馬政府執政後制定的兩岸政策，認為應本著“先經後政”，“先易後難”的原則，循序漸進，持續發展，雖使兩岸緊張關係大幅降低，但在推動兩岸軍事互信機制上則顯消極。
此時，又提政治與軍事孰先孰後的問題，為拖延找藉口。從理論言，引用克勞塞維茨“戰爭是政治的延續”之說，應先政治而後軍事。但確忽略了他的另一句話：“戰爭是沒有目的的，所有戰爭的目的，只是政治的目的”。亦即是“軍事”，從屬於“政治”，並賦予軍事為政治服務的工具性格。基於此概念，“有了政治互信，必然有軍事互信”，亦即確立了政治互信，就不必再求軍事互信機制的建立；另一說法謂，既然軍事為政治的工具，運用軍事互信機制的方法手段，消弭戰爭，追求和平，在和平環境中，逐步建立政治互信；畢竟政治只是一種狀態，都會有矛盾存在，難求解決；而軍事只有“和”、“戰”，維持和平即是軍事互信。此思維則諳“和平發展”、“和平崛起”之寓意，建立軍事互信機制的必要性。因此，政治與軍事互信互為表裡，是可以與時俱進，并行不悖的。
2011年6月，馬英九提出了國防的三道防線論，認為要用“和平來解決爭端”，所以其第一道防線是“兩岸關係的制度化”，實已隱涵建立兩岸互信機制的意向。又提出“歷史上的分合”理論，認為中國歷史上每一次的分合，都要靠戰爭才能解決。現今兩岸要用和平來解決爭端，這是中華民族、炎黃子孫的一個創舉。希望我們（兩岸）把這段歷史寫好。這個主張不但與大陸“和平發展”的兩岸政策吻合，亦與建立軍事安全互信機制的目的相通。而揭櫫的中國的歷史分合理論，則是兩岸和平發展的基礎，和解的最大公約數。
建立兩岸“軍事安全互信機制”，發展至此雙方都顯得遲疑謹慎，但卻邁出了重要且正確的一步。揚棄涉及地緣戰略大環境的多邊架構，展現了兩岸直接商談的雙邊機制，同時確立其理論基礎，定位在中華民族歷史分合傳承與兩岸無從規避的歷史責任上。
2013年是兩岸建立軍事互信機制最為蓬勃的一年，其動力來自於2012年11月，中共將“商談建立兩岸軍事安全互信機制”列入十八大報告中，作為習近平就任總書記後的兩岸重點工作之一。並將其提升到大陸國家科學基金重大研究項目，不但顯示對此議題的重視，亦有對台促談政治及軍事議案的意味。
報告強調兩岸同胞同屬中華民族，是血脈相連的命運共同體；和平統一最符中華民族的根本利益。大陸軍方亦反應，兩岸應當避免骨肉同胞兵戎相見，以和平環境共創中華民族的美好未來；商談建立兩岸軍事安全互信機制，以穩定台海局勢。這些理念與馬英九的“中華民族歷史分合”理論，不但有高度共識，亦使兩岸在建立軍事互信機制上交相呼應。
去年6月24日兩岸的退將學者以“築信研討會”之名，商談兩岸軍事安全互信機制的會議在北京召開，廣泛務實的研討機制的內涵及建立，會後並發表共識。兩岸皆認為：“有責任共同推動兩岸關係和平發展，共同促進中華民族的偉大復興”，這是建立機制的目的 。又認為，西方的“信心建立措施”，並不適用於兩岸軍事安全問題；並應以中華文化止戈與立信精神，及同為一家人的理念，作進一步安排。雙方須秉持一個中國框架，兩岸人民福祉，以化解軍事安全上的疑慮。這些共識為“兩岸軍事安全互信機制 ”定性，共謀實踐的方向定調。會中並提出兩岸在東海、南海的戰略合作；及兩岸軍事衝突 的防制，建立演習通報、人道救援等具體措施。這些措施都有待而後協商逐步落實。
建立兩岸軍事互信機制的難題與障礙
從兩岸關係而言，建立兩岸軍事安全互信機制似已奠定良好基礎，但從地緣戰略環境來看，此情勢並無顯著改善，形成建立機制的障礙。所謂戰略環境，是指影響本議題的內外環境因素，形成決策上的氛圍與壓力。尤因台灣施行民主制度，民意的歸向往往形成施政者的壓力，並使這種氛圍決定其政策導向與推動的時機。明顯對台構成障礙者來自兩方面，其一為地緣戰略上的影響，另一則是本土意識形態的掣肘。
隨著美國高調“重返亞洲”，劍指中國遏制崛起；以強化在西太平洋聯盟的戰略手段，鞏固其在西太防線；並以第一島鏈為戰略前緣，美日聯盟為其核心力量。很明顯的，美國為了西太的戰略利益，不顧日本二戰的侵略罪責，及盟國於戰後對日本地緣政治上的安排。以美日聯盟之名，支持日本在東海及釣魚台主權上的立場以對抗中國。又因安倍的右傾路線，更與美國的戰略利益結合，形成美日聯盟與大陸間強烈的敵對態勢。
雖然，台灣已於1979年與美斷交、廢約、撤軍，雙方已不俱備聯盟關係。但台灣在國共長期鬥爭及冷戰時期兩極化的對抗形勢中，已依附在以美國為首的民主一方，且使兩岸分屬不同陣營。至今兩岸的對抗形勢仍存，社會的氛圍亦無法擺脫國防安全仰賴美國的軍事支援的概念。又因台灣的戰略地位，居於第一島鏈的鎖鑰位置。在當前情勢中，若兩岸和解，美國在西太防線將澈底瓦解。
從戰略的角度視之，兩岸和解及“兩岸軍事安全互信機制 ”的建構，實有遷動西太平洋地緣戰略架構的意涵。因此，美國藉“美台軍售”管道，對台灣軍事安全上的關切，任何兩岸軍事交流、互信機制的建構的活動， 都寄予極大的關注，給予台灣執政當局無形壓力，使此進程至今仍處在“二軌（民間）”狀態。
建立兩岸軍事互信機制的第二個難題，在台灣內部的政治環境，處在藍、綠分明的對抗局面中。綠營以其本土意識與台獨傾向，建立了一套兩岸敵對的論述，形成一種“不反中、即不愛台”的氛圍，不斷的批判藍營的兩岸政策。將建立兩岸軍事互信機制的意涵，直接推向賣台、妥協，甚至於“投降”。
在現行台灣的政治環境中，“綠營”正利用這一形勢，杯葛馬陣營一切的兩岸施政作為，包括不敏感的經濟議題，形成“逢中必反”的一貫態度，從ECFA到至今的服貿法無一例外。因此，在快速的兩岸關係發展中，“綠營”採行無限制的反對態度，正成為兩岸軍事交流，發展軍事互信機制的障礙。
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