實際上，即便在反對的學者看來，《服貿協議》在整體上也是對台灣經濟有利的。他們反對的理由也都局限於個別條款和服貿協議可能對個別群體的衝擊，或者認為協議在某些方面對台灣這個相對較小的經濟體保護還是不夠。比如台灣大學經濟系主任鄭秀玲就認為：服貿協議會造成弱勢產業生計恐難維持。台灣大學經濟系兼任教授林向愷則認為：兩岸經貿交流越密切，成為“輸者圈”的成員越來越多，且“輸者圈”和“贏者圈”族群的所得、財富差距越來越大，得利者並非一般薪資階層，而是大財團。
《服貿協議》經濟之外的一些因素，諸如安全和內地移民爭搶福利也引發不少擔心
在台灣大學經濟系教授林建甫看來，對於《服貿協議》來說：“那些被煩惱的議題，都不是經濟問題，而是政治問題。”
而對此，反對者們也不諱言。台灣大學經濟系前任系主任、行政院經濟建設委員會前主委陳博志就認為，服務業涉及很多“安全問題”，但馬政府卻卻未評估考量。中華彩色印刷董事長張中一則認為，依據《服貿協議》放開市場後，會影響台灣“獨特的文化價值”。而類似觀點，也不在少數。
此外，還有台灣民眾擔心《服貿協議》會讓大陸人爭搶台灣本地人的福利。但實際上，《服貿協議》並未向大陸開放藍領勞工，開放的是陸方“資本額20萬美元”以上的企業（兩位負責人可來台）、資本額每增50萬美元可多一位管理人員（最多七人）。而且，由於台灣方面要求來台居住的大陸人士每年重新簽證，所以對相關投資資質的審查也會嚴格且持續。所以，即便確實是對會消耗一定的福利和公共資源，但這些內地商人也為台灣付出了相應的投資和稅收。
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