2、政治層面的實質差異
在該協議中還包含著一些具有政治定位性質的規範條文，甚至存在著具有矛盾衝突的規定，主要涉及主權和漁權之間的內在矛盾，在實質上反映了實力原則下的政治較量。
一是在涉及釣魚島主權上，雙方均認定該漁業協議僅具有暫時性，且不影響雙方主管機關對釣魚島其他議題的界定。協議第4條規定：“本協議之所有事項或為實施而採取之措施，均不得認為影響雙方具許可權之主管機關有關海洋法諸問題之相關立場。”這為台灣提供了所謂的“免責條款”，保留了宣稱擁有釣魚島主權的法律空間，尤其是體現台灣當局對選民負責而言具有重要意義。同時，這一規定在事實上將釣魚島主權和漁權區分開來對待，成為兩種相互不直接否定的權利要求，任一議題的解決與否並不必然影響另一議題的解決。因此，在雙方暫時擱置主權的前提下，對漁權的相互討價還價成為必然選擇。
二是在處理釣魚島漁權上，日本和台灣在相互妥協的基礎上達成了基本共識，日本政府主動向台灣讓渡部分漁權，但這種讓渡是極為有限，尤其是釣魚島12海浬之內的區域並不對台開放。儘管台灣在公開表態中並未放棄進入12海浬捕魚的權利，但能否進入卻存在著重重困難。比如針對媒體質疑，台灣官方曾指出釣魚島12海浬內情勢複雜，如果台灣漁船前往作業，“政府會依法善盡護漁責任，日本公務船可能採取干擾行為，‘外交部’將持續與日本協商”。⑥
三是在處理釣魚島主權與漁權的關係上，具體條款存在一定的內在矛盾。根據國際海洋法的相關規定，島嶼四周12海浬之內海域屬於與領土同等重要的專屬海域，有權禁止任何其他行為體在此區域之內的活動。因此，對於涉及釣魚島周圍12海浬同樣具有此項關鍵性意義，也是體現是否擁有釣魚島主權的標誌。在“台日漁業協議”中，儘管雙方均被排除12海浬以內協議捕魚的規定，但由於日本對釣魚島的實際控制，造成該排除條款主要是針對台灣的，即區域之內的捕魚權並不對台灣漁民開放。這一狀況無論是在象徵還是實質意義上，都是對台灣所謂宣稱擁有釣魚島主權和漁權的某種否定。
3、對協議內容的若干質疑
根據該協議規定，普遍觀點認為台灣只是獲取了眼前現實利益，而對長遠發展則考慮不夠。相反，日本通過簽署該協議取得了在釣魚島問題的主動權，包括談判目的、時機和內容上都處於主導地位。由於台日雙方談判的實力嚴重不平等，具體條文規定對維護台灣根本利益具有很大不確定性。
一是陷入犧牲主權換漁權的尷尬。根據台灣官方觀點看，馬英九曾多次強調認為“在主權上沒有任何讓步，但在漁權上有相當程度的增加”，而漁民“雖不是很滿意，但仍感欣慰”。 ⑦儘管雙方在協議規定中將尖銳對立的主權議題暫時擱置起來，並對漁業資源開發做出適當安排。但如果將協議規定中的具體緯度邊界線依次勾連起來，就不難發現在釣魚島周邊部分海域是排除漁業協議之外的。也就是說，在日本實際控制釣魚島的情況下，釣魚島12海浬之內是不對台灣漁民開放的，而日本則不受此限制規定。可見，協議條文在領土主權宣誓上並不否認台灣的權利，而在實際利益獲取上卻將台灣排除在外，存在著間接承認日本擁有釣魚島主權及其領海主權的可能性，這是該協議簽署後留下的最大隱患和問題所在。⑧
二是滿足於部分漁權利益的獲取。在此次漁業協議中，台灣當局在釣魚島海域的漁業資源屬於“有得有失”，既接受被排斥在釣魚島12海浬之外的基本主張，同時也獲取了原本不曾擁有的漁業資源，從而為台灣漁民開闢了不少新漁場。自此，台灣在事實上和法律上都不被允許進入釣魚島12海浬之內捕魚，即便是進入也會遭到日本執法力量的驅趕；同時，台灣在談判中獲得了原本處於“暫定執法線”之外的部分漁場，尤其是靠近琉球八重山群島附近的漁業資源。與此對應，日本在談判中將已經實際控制的海洋漁業資源部分開放給台灣漁民，但漁業資源上的部分讓步是以台灣在領土主權上的實質妥協為交換的。由於堅持主權完整就必然要求獲取全部漁權，要求日本將釣魚島海域的所有漁業資源向台灣開放，台灣顯然無法迫使日本能夠做出實質讓步。因此，台灣當局最終接受了日本的妥協主張，將主要目標鎖定為如何盡可能獲取漁權，但由此遭到社會質疑是否對日本做出的讓步過多。
三是無法預估與日本再談的可能。面對社會的各種評論聲音，馬英九政府曾宣稱會在將來適當時間與日本再次展開涉及釣魚島主權問題的談判。但任何談判通常需要特殊的時機和環境，離不開特殊事件促成的利益交換，否則即便是進行談判也可能無法達成妥協。在迫使台灣做出實質讓步後，日本政府顯然缺乏與台灣進一步探討釣魚島主權的動力。而台灣當局則缺乏與日本在主權問題上討價還價的實力，長期以來堅持“主權在我，漁權優先”的策略也無強烈意願與日本交涉短期內無望解決的領土問題。儘管在漁業協議之後，馬英九在回應社會質疑時強調可以在將來適當時間開啟與日本釣魚島主權問題的談判，⑨但這種說法更多具有安慰民眾的意味。如果釣魚島問題沒有中日之間重新引起激烈爭執的情況下，台灣很難獲得與日本再次就此議題進行談判的機會。
漁業協議對兩岸東海合作的影響
在台日簽署漁業協議之後，面對中國大陸從維護民族大義高度呼籲加強兩岸聯手保釣，台灣社會的熱情度和關注度均有所下降，尤其是台灣當局對兩岸合作的態度相對消極，這說明該漁業協議對兩岸東海合作的負面影響是明顯的。
1、降低兩岸東海合作的可能
在簽署漁業協議之後，台灣對兩岸聯合保釣的道義壓力相對減輕，使得兩岸原本有可能實現的合作事項也變得更加渺茫。
一是台灣漁民的漁業利益得到暫時維護。在該協議簽署之後，基本明確了台灣漁民自由捕魚的具體海域，這對滿足台灣部分漁民的現實利益具有直接效應。從劃定漁業開發範圍上，雙方合作的海域面積並不大，但卻初步滿足了台灣漁民對部分特有魚類的捕撈需求，且不少漁民對此結果表示欣慰。從潛在捕獲量看，由於這一海域盛產的若干魚類是特有的，在台灣社會具有很高的市場價值。據報導台灣每年大約有800艘漁船前往釣魚島海域捕撈，儘管會受到洋流、季節等客觀因素影響，但4萬噸的捕獲量也相當可觀。⑩與此同時，在獲得釣魚島附近海域漁權後，台灣當局在鼓勵台灣漁民前往釣魚島海域的同時，並不歡迎大陸漁民進入該海域，堅持在釣魚島漁業資源開發上與中國大陸劃清界限。可見，台灣當局不願在簽署協議之後令日本再次質疑兩岸關係過密的情況出現，也說明對兩岸東海合作持不作為態度。
二是台灣當局的輿論壓力有所減輕。長期以來，台灣在釣魚島主權問題上的立場和態度備受詬病，不僅其行政當局在主權宣誓上不被美日所重視，而且在台灣社會內部還存在著質疑釣魚島主權歸屬的聲音。但在漁業協議簽署之後，台灣當局的輿論壓力大大減輕，無論是批評政府的軟弱無力，還是質疑釣魚島是否屬於台灣的媚日言論都趨於平靜。根據協議內容，雙方在規定海域內具有平等權利，並不存在任何一方的特權行為，這就意味著台灣漁民前去捕魚是受到相關法規保護的。儘管釣魚島12海浬之內並不對台灣漁民開放，但台灣漁民能夠在此海域其它地方合法捕魚本身就是一種有限進步，這種經濟成果是不應被抹殺的。因此，對於台灣當局而言，該協議不僅初步滿足了島內漁業經濟和漁民生計，而且維持了當局擁有領土主權的一貫主張，這會使社會輿論減少對政府的批評態度。在此背景下，台灣當局自認為在處理釣魚島問題上不僅沒有失分，而且取得明顯進步，也就無須面對強調兩岸聯合保釣的輿論壓力，進而也不會主動配合大陸的保釣行動。
三是台日雙方的漁業糾紛將逐漸平息。在台日簽署漁業協議之後，日本公務船在釣魚島海域干預台灣漁民捕魚的狀況基本結束。由於中國大陸屬於不受該協議約束的第三方，台日雙方為維護共同確立的權利義務關係，就將排斥中國大陸漁民進入該海域的捕魚活動作為最重要的執法目標。顯然，台灣在協議簽署前後對大陸漁民發生了根本性扭轉，從先前主要保護台灣漁民不受日本干擾，轉變為與日本一道阻止大陸漁民進入該海域捕魚，這種做法與兩岸聯合保釣的呼聲是背道而馳的。對此，日本基本實現了其預期目標，一方面對台讓利基本消除了雙方長期存在的漁業糾紛，減少了台灣漁民依靠大陸海上執法力量護漁的機會；另一方面，日本成功地將台灣拉入己方陣營，使台灣成為配合日本力量阻止中國大陸進入釣魚島海域的幫手，這是中國大陸所不願看到的結果。
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