在陷害空軍政委餘立金時，吳法憲出力最多。1967年夏，毛澤東離京巡視大江南北，楊成武和餘立金等人隨行。其間，毛澤東對隨行人員發表了一些談話。餘立金回京後，林彪和葉群就讓吳法憲出面三次找他了解毛澤東談話的內容，但都被拒絕了。林彪和葉群對餘立金更是恨之入骨，決定伺機行動。
正巧，不久有人寫匿名信，控告空軍的幾位黨辦負責人。吳法憲等人聲稱是餘立金的秘書所寫，並將其“隔離審查”。一天晚上，吳法憲打電話要餘立金去他那裡看文件。當餘立金走到吳法憲住處門口時，突然從黑暗中躥出幾個人，不由分說將他扭住，宣稱“你被逮捕了”。
1968年3月24日，中央“文革”小組在人民大會堂召開駐京機關部隊1萬多人參加的大會。林彪在會上宣布，楊成武、餘立金、 傅崇碧等人 “武裝衝擊中央文革”“陰謀奪取空軍大權”，企圖為“二月逆流”翻案，是“二月逆流”的新反撲者。中央決定撤消三人的職務。就這樣，餘立金和楊成武、傅崇碧一起被打倒了，這就是歷史上有名的“楊餘傅事件”。
林彪和葉群看吳法憲對他們忠心耿耿，先後把自己的兒子林立果、女兒林立衡送到空軍工作。
1967年，林立果(化名李果)進入空軍時，只有23歲。吳法憲先安排他當司令部辦公室秘書。僅過了幾個月，吳法憲就介紹林立果入了黨。兩年之後，林立果被提拔為空軍司令部辦公室副主任兼作戰部副部長。就這樣，入伍剛兩年多、才25歲的林立果，就成了一名副師級幹部。
1969年10月，吳法憲召集部下，對他們說：“林立果不簡單，是超天才，他可以指揮空軍的一切，調動空軍的一切。我們都要聽林立果的。”吳法憲的這兩個“一切”，實際上等於把空軍的指揮權交給了林立果。
正因為有了大權，林立果開始在空軍秘密組織武裝政變的骨幹力量，組成“聯合艦隊”。1971年3月，林立果主持制定了《“571”工程紀要》政變計劃，企圖殺害毛澤東後另立中央。結果陰謀失敗。9月13日，林立果同林彪、葉群等駕機外逃，不想摔死在蒙古溫都爾汗附近。
1981年，吳法憲作為“林彪、江青反革命集團案”的主犯，被判處有期徒刑17年，剝奪政治權利5年。
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