他表示，面對上述困境，黑島青嘗試透過內部工作坊解決部分問題，並於之後大幅更動現有架構，重整過程中，拋棄以往社運團體常見的總召制，改采功能取向的部長制，並訂立組織章程實行運作，自此黑島青由社運團體轉為社運組織。重整後的黑島青設研究部、組織部、內務部、傳媒部、行政部各司其職，積極參與協助大型活動籌辦、參與各式聲援場合與記者會，針對台灣經貿發展及國家想象等主軸議題發言，表達自身立場與要求，並於其他弱勢議題上出席聲援等。
架構重整後，黑島青力圖開展全新氣象，起初盡力依照大會決議與章程架構運作，但仍於實際運作上遭遇到許多挑戰與難題，以致內部效率降低與成員間產生摩擦、外部回響不足等經營困境。
具體而言內部困境包括，第一，主軸議題專業度高，自身論述與行動難產。黑島青關注的主軸議題在於實現左派關懷，反制新自由主義、自由貿易，關心台灣經貿與國家未來，然而此主軸議題涉及層面多與社會科學專業有關，以致所需專業度對成員來說偏高；第二，成員參與程度無法提升。重整後的黑島青約有60名成員，但開會、活動地多在台北，縱有交通補助，外縣市成員的開會成本仍高於大台北地區成員，以致參與率一直無法提升；第三，部門人力分配不均；第四，共識決的盲點；第五，舊成員運動傷害的延續；第六，辦公室使用想象之差異。
同時“黑島青”還面臨議題熱度減緩，民眾參與度與回響降低；社運團體林立，募款不易；主軸議題不易獲得大眾共鳴；大眾對黑島青的既定印象等外部困境。
王尹軒認為架構重整為何無法解決運作困境，歸因於黑島青在解決運作困境問題時，並未正視這波新世代社運參與者背景的多元、多樣與複雜性，仍抱持著認為一切問題透過制度改革解決的舊思維，以致重整成效事倍功半。但這也無法完全歸責於該團體處理問題的眼光短淺，只因近年來社會運動型態變遷的速度相當快且幅度大，各社運團體也各自摸索著適切的整合之道。參與者的多元與多樣性將是新世代的社運團體須正視的現象。 |
