二、影響兩岸經濟制度化合作成效的主要因素
影響兩岸經濟制度化合作成效，既有兩岸經濟關係發展步入深水區等客觀層面的因素，更有合作理念偏差、保護主義與歧視性做法等主觀層面的原因。
（一）兩岸經濟關係步入深水區，結構性問題凸顯
其一，兩岸互信不足構成兩岸經濟合作的障礙。
其二，兩岸經濟競爭性增加兩岸經濟合作的難度。
其三，利益分配複雜性制約兩岸經濟合作協商進程。
（二）台灣方面合作理念有偏差，保護主義嚴重
兩岸經濟關係發展過程中，台灣當局迄今尚未給予大陸WTO會員待遇，對大陸經貿政策沒有遵守WTO的最惠國待遇原則，表現為如上所述的禁止或過分限制進口大陸產品，禁止或過分限制台商投資大陸，禁止或過分限制陸資入台投資，等等。
除此之外，在兩岸經濟交流合作中，台灣方面存在明顯的合作理念偏差，一個主要的表現就是台灣當局大陸經貿政策的保護主義心態嚴重，影響兩岸經貿活動正常化、自由化與便利化及其協商進展。
其一，在推進兩岸經濟合作中，台灣方面較多注重自身經濟利益，而對兩岸共同利益重視不夠。
其二，在推進兩岸經濟合作中，台灣方面較多注重台灣生產者利益，而對消費者利益重視不夠。
其三，在推進兩岸經濟合作中，台灣方面較多注重台灣短期利益與靜態利益，而對長期利益、動態利益重視不夠。
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