儘管雙方都有深化互信的意願，但兩岸間的互信仍是十分脆弱的，舉例來說大陸方面強調“一個中國原則是建立兩岸政治互信基石”的立場，台灣方面亦可同意，然而卻不能深究一個中國的內涵。又如台灣方面希望先經後政、政經分離，大陸方面希望政經同步，近來大陸更拋出台灣法的構想，使得台灣當局不得不低調以對，不希望在此時此刻觸及到這樣的敏感問題，一方面固然是基於選舉考量，不想節外生枝使大選橫生變數；另一方面是台灣社會普遍對於大陸的信任度仍缺乏，倘若貿然觸及政治議題，恐怕未見其利先見其害。
更難以處理的問題，是大陸對於“中華民國”的看法，對於從小習慣於“中華民國”教育下的台灣民眾而言，確實難以接受“中華民國”消失的論述，因此“中華民國”政府是否可被大陸默許為目前仍有效治理台灣的政權，確實值得觀察，但是倘若大陸對於現存的“中華民國”政權，沒有一套合理論述，恐怕兩岸政治互信的建立仍不容樂觀。
不久前大陸國防部新任發言人耿雁生表示，大陸一直呼籲在“一個中國”的原則上，商討正式結束兩岸敵對狀態，達成和平協定。為穩定台海局勢，減輕軍事顧慮，兩岸可就軍事問題適時進行接觸交流，探討建立軍事安全互信機制問題，按照“先易後難、循序漸進”方式推進。有關撤飛彈、軍事部署問題，都可在此過程中討論。
台灣方面對此藍營普遍低調回應，“總統府”發言人羅智強說，中國大陸只強調“一中原則”下談撤飛彈，無法獲得台灣人民認同；若對岸願意在“九二共識”基礎上主動撤彈，將會是促進兩岸關係的重要一步。他並重申過去兩年，兩岸已累積了相當多交往的經驗與智慧，馬英九也期許兩岸能以“正視現實、累積互信、求同存異、續創雙贏”為方針，繼續推動兩岸關係；而“陸委會”則重申，兩岸協商應循先經後政、先急後緩、先易後難的原則推動，目前應以經貿往來及交流秩序維繫的相關議題為優先，以便在此過程中為兩岸互信奠定基礎。兩岸並透過協商、對話與交流，建構和平、穩定與繁榮的兩岸關係，是馬政府大陸政策一貫的核心思維與目標；同時呼籲大陸放棄對台武力威脅及解除飛彈部署，也是馬政府長期以來堅定的立場，未來仍將持續向大陸方面表達。
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