在第一階段，JF-17殺傷空中目標的主要武器是中國研製的各型空空導彈，包括“霹靂-5EII”紅外制導近程導彈和“閃電-10A”主動雷達制導中程導彈，前者是中國在前蘇聯R-3S和R-13M導彈基礎上研製而成的，與美國最新型AIM-9“響尾蛇”導彈類似，後者性能更加先進，與美國AIM-120和俄羅斯RVV-AE不相上下。中國早在1966年就開始以蘇聯R-3R和R-3S導彈為基礎研製國產“霹靂-5”導彈，包括半主動雷達制導型“霹靂-5A”和紅外制導型“霹靂-5B”，但是直到20年後才開始裝備部隊。隨後中國研製出完善型“霹靂-5C”，並於90年代研製出全面升級型號“霹靂-5E”，其重量大幅降低，而且首次實現全角度攻擊。最新改進型號為“霹靂-5EII”，由洛陽光電技術發展中心研製。“閃電-10A”作為中國空軍“霹靂-12”空空導彈的出口型號，是中國自主研發的產品，由最初的無線電校正慣性制導改為主動雷達制導。洛陽光電技術發展中心從1997年開始研製該型導彈，2005年8月在殲擊機上進行一系列成功試射後順利完成試驗項目，當年開始裝備中國空軍，主要供殲-8F、殲-10和殲-11B殲擊機使用。據悉，JF-17使用的中國“霹靂-5EII”導彈和自由落體炸彈的試驗已經結束，其中“霹靂-5EII”導彈於2008年7月在FC-1原型機上進行了發射試驗。“閃電-10A”中程導彈的整合直到2010年底才完成。與此同時，中國還在研製其他幾種航空武器，包括自主研發的C-802A重型反艦導彈，以及使用慣性衛星制導的“雷石-6”滑翔制導炸彈，都會被整合到JF-17機載武器系統。“雷石-6”從2003年開始研製，2006年順利完成，並以殲-8B殲擊機為載體進行了一系列投彈試驗。
目前中國工程師、試驗人員和巴基斯坦軍方正在掌握和整合JF-17項目第二階段機載系統和武器裝備，在全部使用中國自主研發的產品的同時，積極討論將來採用西方航電系統和武器系統的可能性，包括法國泰利斯公司的RC400雷達和“米卡”中程導彈，以及其他幾種高精武器。巴方希望在JF-17上整合歐洲航電設備和武器系統的願望，可能會在計劃從2013年開始生產的第二批50架量產型殲擊機上實現。
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