伊犁地處西陲，其屯田最受乾隆重視。二十四年（1759年）冬天，命令辦事大臣阿桂從阿克蘇率兵五百名、回人三百戶赴伊犁開始試種。他指示阿桂，“伊犁向為準夷腹地，故穡事頗修。今歸我版圖，若不駐兵屯田，則相近之哈薩克、布魯特等乘機遊牧，又煩驅逐”，著重強調屯田駐兵是鞏固國防建設的大事。他還告誡阿桂，一定要抓好屯田，不可茍且塞責，存早想京師之念。阿桂率領五百士兵和三百回戶，在伊犁河南岸海努克地方安營紮寨，開始了歷史性的事業。
儘管乾隆帝把新疆屯田視為造福于子孫後代之舉，但此舉並非是清政府全體成員的共識，朝野內外分歧較大。二十五年（1760年），乾隆進行廷試時，新科進士的條奏中有人就說“古之屯田為勞民”的不同看法，變相地指責伊犁屯田與西漢輪臺屯田同樣勞民傷財。乾隆抓住這個機會宣傳新疆屯田的深遠用意，他說，現在伊犁屯田，完全是依靠維吾爾人種地，維吾爾人本以種地為業，準噶爾部控制新疆時就是如此。伊犁地區原有大面積耕地，清政府統一新疆後，令維吾爾人照舊種地，“不過是還其所固有，而駐防大臣等循行勸墾，亦惟用其人以墾其地。曾有一內地百姓抑之負耒而往者乎”。可見根本不存在勞民的問題。乾隆針對遣犯種地一事解釋說，這些罪犯都是惡貫滿盈、本該處死之人，現在讓他們前往新疆種地，“以減死之人而予以謀生之路，伊等即不得謂之民，又安得謂之勞也”。他特別強調新疆屯田，不單單為守土軍隊解決糧食問題，“國家生齒繁庶，即自乾隆元年至今二十五年之間，滋生民數，歲不下億萬，而提封止有此數，餘利頗艱。且古北口外一帶，往代皆號岩疆，不敢尺寸逾越。我朝四十八部子弟臣仆，視同一家，沿邊內地民人前往種植，成家室而長子孫，其利甚溥。設從而禁之，是厲民矣。今烏魯木齊、辟展各處，知屯政方興，客民已源源前往貿易，茆檐土銼，各成聚落。將來阡陌日增，樹藝日廣，則甘肅等處無業貧民前赴營生耕作，汙萊辟而就食多，于國家牧民本圖，大有裨益”。他最後表示：“今辦理屯種，亦只因地制宜之舉。而無識者又疑勞民，朕實不解，且付之不必解，而天下後世自有公論耳。”《清高宗實錄》，卷612，19～22頁。今天人們來看待這件事，不能完全否定乾隆是從維護大清統治的目的出發，也不能說在大西北屯田不需要人力物力，但是新疆的確從此得到進一步的開發，有利於當地的社會進步，應肯定這是乾隆做出的歷史性功績。
開發新疆：屯田的分佈
皇帝和臣下發生爭論，而且皇帝又有理，結果必是他勝利無疑。乾隆如此看重屯田，其他人當然只得退避三舍，不再反對，所以在他的直接參與之下，北疆多年沉睡的大地人歡馬叫，呈現出一派生機，到處都掀起了開墾土地的熱潮，並且收到了很好的效果。
伊犁地區
伊犁位於北疆最西部，乾隆二十三年（1758年），當清軍還在進行平定回部的戰鬥時，乾隆已開始籌劃伊犁屯田了。乾隆的指示很具體：“從前伊犁地畝，皆回人耕種，今俟回部平定，即將回人酌量遷移，與綠旗兵參雜。額敏和卓係回部望族，應同將軍大臣等管束屯田兵丁，俟耕作嫻習，主客相安，再回吐魯番，方為有益。”《清高宗實錄》，卷560，25～26頁。乾隆想得很細緻，伊犁距內地極遠，與南疆卻甚近，調發維吾爾族種地需費用極少。額敏和卓忠於清政府，由他來管理維吾爾人可減少民族矛盾，加上綠旗兵一起耕作，增加了穩定性。因為乾隆的重視，伊犁屯田成效最大，有兵屯、回屯、犯屯、民屯四種形式。
回屯（即維吾爾人之屯）。二十四年（1759年）冬，辦事大臣阿桂從阿克蘇帶領三百戶維吾爾族農民來到伊犁，他們是最早的屯田生產者。三百戶人在土地肥沃的海努克地方播種，當年就獲得大豐收。阿桂報告說，以播種量計算，上地獲二十倍，中地獲十倍，保守估計可獲糧食二萬四千石，除種地者自用外，還可供上千人來年麥熟前食用。有了糧食，阿桂提出擴大回屯規模，要求增派七百戶，達到一千戶。阿桂說，葉爾羌、喀什噶爾、阿克蘇、烏什等城，有原先就在伊犁種地、後隨霍集佔逃回去的兩三千人，“今聞開設屯田，願來效力者甚多”《清高宗實錄》，卷634，13頁。。但是上述各城伯克以錢糧缺額為藉口，阻礙他們來伊犁種地。阿桂建議取消各城戶口錢糧定額，以爭取伯克們的支援。乾隆批示“伊犁再增回人千余，生齒更覺繁盛，亦于伊犁生計有益”，贊成此舉。二十六年秋，伊犁回屯再次大豐收，收穫小麥為播種量二十倍以上，青稞高達四十倍以上，平均每人收谷四十石，半數充做軍糧。阿桂決定：“嗣後人給籽種一石五斗，以交糧十六石為率。”《清高宗實錄》，卷650，20頁。從二十七年至三十二年，清政府陸續從烏什、哈密、葉爾羌、和闐、吐魯番等處調入伊犁地區六千戶維吾爾農民，分佈伊犁河南岸海努克與北岸固勒扎周圍，編成九屯。每戶交糧十六石，每年共交糧九萬六千石，乾隆末年，伊犁將軍保寧因當地維吾爾人生齒日繁，增墾土地，加徵糧食四千石，總數達十萬石。二十五年，清政府任命額敏和卓的兒子茂薩為伊犁阿奇木伯克，管理種地農民。三十一年，又任命茂薩弟鄂羅木管理。後來，定阿奇木伯克為專職，階三品，總理回屯，下設十五人為屬員。
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