1.限制阿奇木伯克權力。南疆各城舊制，“以阿奇木伯克總辦事務”，日久權重，任用私人，與承辦具體事務的小伯克產生矛盾。烏什起義與素誠有關，更與阿奇木伯克阿卜都拉任用私人有關。現改為以後承辦各種事件，阿奇木伯克先與承辦之小伯克商量，由小伯克提出具體方案後，再與伊什罕伯克（即副城主）會商。阿奇木伯克若照舊攬權獨辦，允許向駐紮大臣控告。此條規定使阿奇木伯克的權力受到限制，相應提高了駐紮大臣的權利。
2.取消陋規。清政府在南疆徵賦稅本來極輕，但從前準噶爾政權有格訥坦稅一項，以備辦差使用，每年各城派四五千騰格不等，係臨時徵派，且無定額。清政府統一新疆後，向各城派差均發給口糧羊只，駐紮大臣由政府發給養廉銀，因此決定徹底取消這項陋規。以後預選富戶撥給若干土地，每戶一二年內輪辦差務一次。
3.平均賦役負擔。準噶爾政權控制南疆時，每年派哈刺罕一人、和卓一人編制各城戶口賦役清冊，據此徵收賦役。清統一新疆後，此事完全依靠阿奇木伯克辦理，“漸生隱匿賄脫之弊”。現規定以後每隔一年派政府官員查核戶口賦役情況，若有輕重不均，將阿奇木伯克治罪。
4.整頓選舉。南疆各城屬官出缺，阿奇木伯克並不秉公補用，經常任命自己的子弟親戚。現在規定以後由伊什罕、噶匝納齊、商伯克共同保舉。阿奇木伯克親戚子弟，一律回避。
5.減少顏齊人數。顏齊是伯克隨從，有一定額數，從中等人戶中挑選。伯克專門挑選富裕人家做隨從，而將其應納賦稅攤入窮戶，伯克等從中侵蝕，顏齊又乘機挾制伯克騷擾百姓。現規定以後由阿奇木伯克按定數挑派，額外挑派一概革除。
6.確定賦役額數。維吾爾群眾每年應辦賦役，從前一律由伯克指派，並不提前通知，“每致放富差貧”，即富人免差，窮人重收。現規定將應辦賦役定額，令辦事大臣以印文公佈，如有不遵守定額濫徵者，允許維吾爾群眾控告。
7.整頓貿易。清政府統一新疆後，內地商人來南疆貿易的人數逐漸增多，與維吾爾人混居在一起，時有摩擦。現令內地商人赴駐兵處貿易，由各城大臣稽查，不準與維吾爾人雜居。
8.規定禮儀。南疆各城駐紮大臣與阿奇木伯克的關係，一向很不明確，清派駐的辦事大臣逞勝利之威，妄自尊大，對大小伯克們頤指氣使，視同奴僕。現規定阿奇木、伊什罕伯克見辦事大臣“照總管、副總管例”，其餘小伯克均照官兵例，明確了辦事大臣的主權地位，阿奇木伯克是其屬官。《清高宗實錄》，卷746，12～15頁。
以上八條是《回部善後事宜》的主要內容。從中可以看到，乾隆對南疆的“因俗而治”暴露出許多問題，基本上是依賴各城阿奇木伯克，對原來的社會問題根本沒有觸動。以阿奇木伯克為代表的維吾爾地主階級倚仗清政府賦予的權力，橫徵暴斂，加上辦事大臣腐敗，是造成烏什起義的主要原因。烏什起義發生後，乾隆對“因俗而治”的政策進行了改革，以限制阿奇木伯克權力為中心，剔除了許多弊端，明確了駐各城辦事大臣和阿奇木伯克的統屬關係，加強了對南疆地區的管轄。這次改革使當地矛盾得到緩和，維吾爾人民群眾的生活多少有些改善。直到鴉片戰爭，南疆地區始終處於安寧穩定的環境，說明《回部善後事宜》是有積極作用的。
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