對於社會對駐京辦的各種指責，王錦程尤其無法接受。“單純指責駐京辦有腐敗，是不公道的。至於有些駐京辦出了問題，那是個案，不能因此以偏概全。”作為北京本地人的王錦程，在駐京辦圈子中一直以心直口快著稱。
說到某些專門描述駐京辦腐敗的小說時，王錦程絲毫不隱瞞自己的觀點，他說：“駐京辦不可能有那麼大的能耐搞腐敗，那是一種演繹，是作者為出名搞的一種噱頭。”他認為目前社會上對駐京辦的看法，應更客觀更公正。
“大多省級駐京辦經費每年就500萬左右，沒多少條件去搞腐敗。當然，也不排除有個別駐京辦在接待和開支方面不規範。我非常贊同駐京辦工作向社會公開，以免外界產生各種猜測”，王錦程認為。
“駐京辦的腐敗根源，主要出在體制方面。”國家行政學院公共管理教研部汪玉凱教授接受記者採訪時認為，“目前中央與地方財權、事權劃分不清楚，缺乏完善的財政支付制度和投資體制，各個中央部委掌握著地方政府所需要的絕大部分資源和地方政府無法回避的審批權力，加上審批程序的不科學、不公正，催生了各級駐京辦‘跑部錢進’，直接導致腐敗現象的發生。”
汪玉凱教授進一步解釋道，在“跑部錢進”的背景下，大量助長了中央國家部委層面的不正之風，比如請客送禮，送小錢拿大錢，以土特產或給強勢部門提供一些方便，以此獲得更大權益。
“當前我國項目審批體制中，項目審批部門化，部門審批個人化問題很嚴重，甚至有些全國重大項目的審批權，往往就集中在個別人手上，加上這種權力運作，還缺乏應有的公開透明，以至各種腐敗現象層出不窮。”北京大學政府管理學院李成言教授對本刊記者說。
“要搞好與各部委的關係，就得請吃請喝。以前我滴酒不沾，但做駐京辦主任幾年下來，我不但學會了喝酒，還學會了吸煙。”西部某省駐京辦主任老張告訴記者，“我有一項主要工作，就是了解部委每年審批項目的計劃和方向，然後想方設法爭取。不管用什麼手段，能拿到項目，才是最大的業績。”
“有那麼一些項目，每個地方都在爭，給誰都可以，人家憑什麼給你？”老張說，“數百億的項目和資金，掌握在一些強勢職能部門手中，他們也不可能全面了解下邊情況，哪裡需要上項目，全憑下面匯報。”
“按以往經驗，會哭的孩子也不一定有奶吃，這就看各地運作能力了。”老張認為，“由於審批缺乏公開公正透明的程序，這樣一來，各地便大顯身手，暗地四處疏通關係，種種腐敗就出來了。駐京辦腐敗，有時也是被逼出來的，如果把板子全打在駐京辦身上，實在說不過去。”
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