劉宋元徽三年（475年），僧人法獻西游於闐，在鄂爾渾河和土拉河流域一帶得到了佛牙舍利一枚，秘不示人達15年之久。臨終前，才將佛牙獻出，藏於南京上定林寺的佛牙閣里，廣受四方佛徒朝拜。歷經隋唐和五代，這顆佛牙被輾轉傳到北方的燕都（今北京）。遼鹹雍七年（1071），佛牙被安放在北京西山靈光寺的招仙塔內，深藏在塔基之下。1900年，“八國聯軍”的炮火將招仙塔轟毀，鄰近的靈光寺僧人在整理寶塔瓦礫時，在塔基下發現佛牙。此後，佛牙便一直供養在北京西山八大處靈光寺佛牙舍利塔里。
隋仁壽元年（601年），栖霞寺建舍利塔。《帝京景物略》記載：“隋文帝遇阿羅漢授舍利一囊，與法師曇遷數之，奠定多少，乃以七寶函致雍、歧等三十州，州建一塔”。《同治上元江寧兩縣志》記載：“相傳文帝遇異尼，得舍利數百顆，分八十三州，各樹塔，蔣州其一也”。原塔早已塌毀廢棄，五代南唐時高越、林仁又重新修建，現存塔應是南唐所建的。雖未發掘，塔中應藏有舍利。
唐長慶四年（公元824年），潤州刺史李德裕將隋唐時期荒廢已久的長幹寺阿育王塔地宮打開，從中發現了21枚佛祖真身舍利。李德裕將其中的11枚舍利遷往潤州（今江蘇省鎮江市），在北固山甘露寺建塔供奉，另外的10枚則被留在了原地。
北宋端拱元年﹙988年﹚，玄奘大師頂骨被迎到南京。玄奘是我國著名高僧和佛典翻譯家，被尊稱為玄奘大師、唐三藏。唐麟德元年（664年），玄奘大師圓寂，曾先後葬在陝西玉華宮、樊川興教寺。唐末興教寺三藏舍利塔被毀，一僧人將玄奘頂骨帶到終南山紫閣寺建塔供奉，並刻下碑文說明原委。北宋末年，天禧寺住持可政大師在紫閣寺發現了玄奘頂骨、金鉢以及一些衣物，將頂骨與石碑背回南京，於天禧寺密藏供奉。明朝時，玄奘頂骨先後遷葬三藏塔和大報恩寺。太平天國時大報恩寺毀於戰火，所幸頂骨藏於地宮之中，未遭破壞。1942年，侵華日軍在三藏塔遺址上建造“稻垣神社”時，挖出一石函，內有玄奘遺骨及佛像銅匣等，石函上的文字記載了玄奘遺骨輾轉來寧的經過。經汪精衛政府交涉，玄奘頂骨被分成六份，分置在日本、廣東、天津、成都、北京及南京。位於廣東與北京的頂骨，已在“文革”中遺失。南京的那份1973年被移供於靈穀寺。
宋太平興國五年（980年），北印度烏填曩國高僧施護，將所攜佛祖頂骨舍利奉獻金陵長幹寺。真宗時，可政大師奏報長幹里一帶佛舍利經常顯靈，朝廷調查屬實，於大中祥符四年（1011年）重修長幹寺和塔。天禧二年（1018年），宋真宗根據他的新年號，將長幹寺改稱為天禧寺。南宋《景定建康志》“天禧寺”條說：“天禧寺者，乃長幹道場葬釋迦真身舍利，祥符中建真身舍利塔，賜號‘聖感舍利寶塔’。”2008年南京發掘大報恩寺遺址，發現大報恩寺是在宋長幹寺地宮上重建的，並出土了石函等物。石函北壁上刻有《金陵長幹寺真身塔舍利石函記》，碑文記載“長幹寺葬佛頂骨舍利”。考古發現，石函內置鐵函，鐵函內安放七寶阿育王塔，塔內有二套盛放舍利的容器，一套鎏金銀椁；另外一套為方形銀函，椁、函內都有安置舍利的金棺，佛頂真骨安奉其中。
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