在教學當中，他也會巧妙地灌輸愛國思想。他開了一個新的課程叫“史源學”，有一次講到清朝兩個學者討論一個問題。金滅北宋以後，一時不能滅南宋，在中原地區建立過一個偽齊政權。這兩個學者討論偽齊的頭子劉豫死後到底埋在什麼地方。分析了兩人觀點之後，他突然話題一轉，說劉豫到底埋在哪里不重要，有一條材料講，劉豫的後人都不承認他這個祖先。“所以一個人當了漢奸，連後人都不承認他。”
他在著述中一改以往不喜議論的文風，加入了更多主觀色彩，借古喻今，通過這些書斥敵寇漢奸，斥責當局發國難財等。他批評得最多的是那些勾結外族、統治國人的敗類，如石敬瑭、趙德鈞等，他常以“人之恨之，不比人類”，“千夫所指，無疾而死”等痛斥這些漢奸。沈兼士看了《明季滇黔佛教考》後評價：傲骨撐天地，奇聞泣鬼神。到抗戰後期，有些知識分子“頂不住”了，陳垣希望用這些書來激發知識分子要愛國，要堅持民族氣節。
而此前，陳垣的人生經歷已經足夠豐富。他學過西醫，28歲時考入美國教會辦的博濟醫學堂，因校方歧視中國員工和學生憤而退學，帶領部分學生轉入中國人自辦的第一所私立西醫學校———光華醫學專門學校；他辦過報紙，在1905年與潘達微、高劍父等人創辦的《時事畫報》上寫時政文章，抨擊滿清政府的統治。
即便選擇研究歷史，和他的愛國情懷也有很大關係，他曾多次對學生們說，現在中外學者談漢學，不是說巴黎如何，就是說西京(指日本京都)如何，沒有提中國的。我們應當把漢學中心奪到中國，奪回北平。“每當我接到日本寄來的研究中國歷史的論文時，我就感到像一顆炸彈扔到我的書桌上，激勵著我一定要在歷史研究上趕過他們。”陳垣長孫、中國社科院歷史研究所研究員陳智超評價，所謂“陳垣要強”，是要國家強，不是要個人強。
“他就像是一架專挑錯誤的顯微鏡，沒有一點纖塵逃得過他的眼睛”
1913年，也就是民國二年，陳垣當選為眾議員。此時，他才33歲。這次從廣州移居北平，或許是陳垣一生最重要的一次轉折。此後，陳垣成為與王國維、陳寅恪齊名的史學大家。
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