因為是自學成才，陳垣更加重視學習方法。對於自己摸索出的經驗，他也樂於跟學生和後輩分享。從他那些著名的學生柴德賡、啟功、周祖謨、劉乃和等人的回憶文章中可以看出，陳垣對他們影響最深的，就是他的治學精神和方法。對於現在越來越虛妄的中國學術界，陳垣仍然是一面十分清晰的鏡子。
他認為，作研究工作，最重要的是尋求史源，如果研究唐以前的歷史，學生引了《資治通鑒》，他一定要問為什麼不引正史，是否只見於《資治通鑒》而正史中沒有？或者研究南北朝時期的歷史，引用《南史》《北史》而不檢對八書，他一定不通過。他常說，在準備材料階段要“竭澤而漁”，不漏掉一條材料。他文風嚴謹到極端的地步。啟功回憶，陳垣先生的母親去世，他發訃聞，沒有按舊時慣例寫“泣血稽顙”，而是把“血”字去掉，因為他覺得並不誠實。
他常把自己的文章拿給學生看。不過，看了不能白看，要提意見。有些學生不知道，只講好。陳垣就會說：“下次不給你看了，怎麼看了會沒有意見呢？”別人提了意見，他一般都會改，他認為，至少說明這個問題講得不清楚。他還經常教導學生，文章要寫，但不要輕易發表。放在抽屜里，多放幾年都沒關係，學術性文章沒有時效性，過後拿出來看看，可以檢驗你的學問有無進步。再聽聽別人的意見，這個時候都覺得沒什麼問題，然後再發表。
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