陳垣對《四庫全書》持續做了長達10年的研究。陳垣家住在北平城內西南角，貯存文津閣《四庫》的京師圖書館在城東北角。當時紫禁城前後的東西街道還是宮廷禁地，沒有直達道路，必須繞道走，來回路程需要三個多小時，逢陰雨風雪，甚至要4個多小時。他每天清早帶著午飯去看《四庫全書》，圖書館剛開館就趕到，下午到館員下班時才離開。就這樣前後斷斷續續讀了10多年，對這部包括3000多種、3萬多册的大叢書作了詳盡的了解。
陳垣與胡適當了5年的鄰居，在學術上往來也很密切。不過，因為他專做“窄而精”的史學研究，與胡適的史學路數迥異。他曾對學生蔡尚思說：“像胡適的《中國哲學史大綱》之類的所謂名著，很像報章雜誌，盛行一時，不會傳之永久。”
擔任校長幾十年，陳垣從未間斷過給學生上課，且從不缺席、遲到
從1926年出任輔仁大學校長開始，陳垣陪伴著輔仁走過了27年，成為近代著名的大學校長。1952年後又繼任北京師範大學校長———在他91年的漫長人生中，大學校長一當就是46年。
擔任校長幾十年，陳垣從未間斷過給學生上課，且從不缺席、遲到。唯一一次缺席是母親辭世，回鄉奔喪。學生回憶起他多稱“援庵先生”，而非陳校長，大概是敬重他的學問，而不是他的官職。他對學生要求嚴格而不嚴厲，有頑皮的學生在背後稱他為“老虎”，但在課堂上，沒有人不自發地挺胸直坐、兩手分置雙腿之上，聽得入迷。好些受業者都說過：從來沒見過這樣會講授的先生。他講課，不像當時的一些知名學者那樣天馬行空，而是循序漸進、踏踏實實、面面俱到。一般老師不太喜歡批改作業，陳垣不僅認真批改，還和學生一起寫作業，並貼到教室牆上作比較。
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