對於大部分部委都贊同的，大幅提高國企紅利上繳比例，並將其用於補充社會保障等民生開支資金缺口的政策，央企和國資委一時也難以接受。
《2011年中央決算報告》數據顯示：2011年，央企實現營業收入202409.3億元，實現淨利潤9173.3億元，上繳中央的紅利只有800.6億元，其中用於社會保障等支出的僅有40億元。
對一些主要問題的爭議相持不下，不但是《方案》一再延期的主要原因，而且還阻礙了另一項關鍵改革的進程——國有資本經營預算、國資紅利上繳等方面的改革，這些改革也是預算制度改革的重要內容，全國人大常委會只好將審議通過《預算法修正案》的時間推遲到明年“兩會”以後。
參與《方案》徵求意見工作的一些學者表示，《方案》的另一個阻力來自財稅系統，“財稅系統對於《方案》中幾項減稅的建議興趣不高”。
國家發改委一位不願具名的官員也頗感無奈，方案內容涉及各部委的“自留地”，需要在各部門之間進行協調，而發改委並沒有部際協調的能力，因此，只好擱置有爭議的改革政策。改革難以取得實質性的突破，其實，發改委對現有《方案》也不滿意。
與此同時，十八大報告中首次明確提出“到2020年實現國內生產總值和城鄉居民人均收入比2010年翻一番”的居民收入倍增目標。這將成為《方案》的一個重要內容，國家發改委正在據此對《方案》做出調整，並增加一些具體落實的政策。“這也是《方案》推遲出台的另一個原因。”有關部門官員表示。
另外，現階段正值中央和各黨政機關領導換屆，國務院和政府各部門的有關負責人的人選和分工面臨調整。
有鑒於此，當前《方案》的修改和審議工作實際已經減速。上述官員預計，至少要等到明年3月“兩會”閉幕，新一屆中央政府領導班子正式就位後，《方案》的各項工作才能加速推進。因此，《方案》在明年“兩會”後公布實施的可能性更大。
參與《方案》制定的官員表示，如果新一屆全國人大常委會要求國務院在《方案》出台前，對其進行專題質詢，那麼《方案》最早要等到明年4月底全國人大會議閉幕後才能夠公布實施。
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