馬英九確實樂見兩岸二軌、三軌或一軌半的對話，但是他反對兩岸進行一軌談判。當中共十八大政治報告主張兩岸民間與智庫可以先行扮演催生兩岸政治談判角色之後，馬英九對兩岸政治談判的態度反而更趨於謹慎退縮，近幾個月來，馬政府國安智庫出現類似“兩岸已簽署的十八項協議可視為廣義的‘和平協議’”、“兩岸政治互信不足，建立軍事互信機制的條件和時機並不成熟”或“兩岸和平協議最終需要透過民意支持(公投)”等看法，其實已經反映了“上有好者，下必甚焉”。
若從歷史發展的大趨勢來看，兩岸未來無論是“和”是“戰”，終將難以避免政治談判。兩岸愈早進行政治對話，愈有助於雙方增進互信，也愈有利於兩岸攜手合作創造復興中華之路。連戰今年2月訪問北京時提出的《16字箴言》(一個中國、兩岸和平、互利融合、振興中華)，就具有高瞻遠矚的氣魄。以中美兩國激烈的競爭態勢而言，北京尚能不斷重申“寬廣的太平洋有足夠空間容納中美兩國”，華府也再三強調中美應建構互惠與互重的“新型合作模式”，兩岸人民屬同文同種，沒有任何理由不能合作找出一條能化解歷史怨懟、共創未來的和平路徑。連先生認為“兩岸政治對話與談判是無可避免的課題”，建議雙方應建立“平衡、對等、有效的政治架構”，就是兩岸學者應該努力的方向。
民間智庫角色的盲點
台灣的智庫種類五花八門，但規模與功能並無法比擬美國的智庫。美國的智庫（例如“布魯金斯學會”〈Brookings Institution〉或“傳統基金會”〈Heritage Foundation〉）多因工商企業界得利於政府的減稅措施而成立，政治態度無論是保守或先進，一般都會強調政治中立，不受總統所屬黨派的影響。台灣的智庫很難擺脫政黨色彩，政府資金成立的智庫(例如隸屬國安會的“亞太和平研究基金會”或立法院編列預算成立的“台灣民主基金會”)具有半官方性質，人事安排、研究方向或功能發揮，往往隨著執政者的政策而變化；換言之，他們是聽官方指令辦事，只為政府或特定政黨服務，其角色的重要性與功能的大小，要看執政者對其信任程度與授權多寡。政府智庫的發言或許不代表政府政策，但不會偏離執政者的意志。
其他可以稱為台灣民間智庫的基金會，大致可劃分為兩類：一類是與特定政黨連結的智庫，例如國民黨的“國家政策研究基金會”、馬英九用選舉補助款成立的“新台灣人基金會、”民進黨的“新境界文教基金會”、屬民進黨派系的“台灣智庫”(扁系)、“維新基金會”(謝系)、“小英文教基金會”(蔡英文)或“台灣和平基金會”(辜寬敏)、李登輝旗下的“台灣綜合研究院”、獨派的“台灣新世紀文教基金會”(陳隆志)等。另一類則是不計其數的民間學術團體，其中絕大多數與政府資金挹注有一定程度的關聯，像“兩岸統合學會”這樣不曾向政府申請過任何經費補助的學術團體，誠謂鳳毛麟角。
無論是前文提到中共政治局常委俞正聲期望“要鼓勵兩岸學術界從民間角度就解決兩岸政治問題開展對話”，或北京國台辦主張的“兩岸智庫可就政治領域探討存在問題”，都涉及了需要釐清的兩個盲點：首先是“兩岸學術界與智庫”如何定義？其次是“兩岸學術界與智庫”是否獲得官方授權？
大陸學者與智庫的立場明確而一致，台灣學者與智庫很難整合，有各為其主而發聲的現象，也有意識形態主導行為的狀況，用心鑽研兩岸政治關係的學者，多半單打獨鬥；換言之，兩岸開展民間政治對話之前，需要釐清存在已久的若干問題。大陸如果基於兩岸政治談判的主客觀條件尚不成熟，而迂迴改採兩岸學界智庫先行政治對話的鋪路搭橋工作，當然無可厚非。事實上，兩岸學者智庫有關兩岸政治定位問題的討論，已持續很多年。誠如馬英九接受電視台專訪所指出，兩岸民間早已展開類如軍事互信機制或洽簽和平協議的對話。不過，筆者寧願相信，北京真正期待的是兩岸經過官方授權的民間對話。6月13日的“吳習會”被台灣媒體視為兩岸首次具特殊意義的“民間政治對話”，(旺報：2013-6-12)或許是錯判了馬英九在伯公訪問大陸前的“面授機宜”，某種程度上被解讀成馬總統授權吳伯雄一行針對兩岸政治談判探路。
歷經長期的觀察與求證過程，筆者確信馬英九任內不會同意兩岸官方進行政治談判，也不會推動官方授權的兩岸民間政治對話，至少現階段看不出有任何的蛛絲馬跡。馬英九總統帶有幾分讀書人的自負、又不輕易信任他人，面對中華民族偉大復興這樣重要而艱難的歷史使命，他採取主動而積極態度的概率太低。
馬英九曾用“怵目驚心”四個字形容他閱讀台獨史觀的高中歷史教科書的心境，卻不見他有任何撥亂反正的作為。6月初立法院各黨為民代特別費“除罪化”而修改會計法的事件，又印證了馬英九面對困難問題的不作為心態；換句話說，馬總統事前未防堵立院國民黨黨團修法，事後又只關切民意反彈的程度。馬總統最近多次公開宣示“絕不會把對岸視為一個國家”、“兩岸互設機構不是外交使領館”、“兩岸不是國與國關係”的立場，似乎並不符合他以往的行為邏輯，若非承受到壓力而希望緩和大陸對馬本人的疑慮，馬英九應不致於做出這樣的大動作。
馬英九總統的作為與不作為，往往根據外部壓力的大小。《吳習會》之前，台灣親綠媒體已針對馬英九的“兩岸非國與國關係”群起圍攻，北京目前又顯然不會為兩岸政治談判對馬施加太大的壓力，但美國反對兩岸談判的態度直接而明確，馬英九處於這樣的情境下，怎可能輕易推動授權式的兩岸民間政治對話。
事實上，目前台灣涉及兩岸關係的黨、政、國安單位或智庫，似仍未針對“尚未統一特殊情況下的兩岸政治關係”研擬出完整的論述或談判規畫，最近馬政府對台菲海上衝突的危機處理，更顯現了國安幕僚的功能弱化。歸根究底，是馬英九總統的守成心態，造成整個內閣與國安團隊信守不出狀況的原則，執政平安過渡至2016年大選，遠比鋪陳兩岸可長可久的政治關係，更為迫切。
整體而論，期盼馬英九未來三年任期能積極而主動處理兩岸政治關係，會是緣木求魚，北京與其盼望台灣官方授權的兩岸民間政治對話，甚至寄望2016年大選後有新的局面，不如積極主動提出兩岸民間對話的路徑與方式。現階段大陸面對周邊安全情勢的變化，或不急於處理兩岸政治定位問題，但被動地期盼學者智庫能鋪設一條兩岸官方通往政治談判的坦途，恐怕過分樂觀。
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