其次，兩岸和平協議可能算是內戰雙方的協議，但此一內戰的武力衝突部分已停止了多年，60年間內戰兩邊隔海對峙形成一種僵持和平與交流和平階段。尤其近幾年雙方在和平發展的大政方針引導下，制度化的交流合作增加，雙方力圖減少猜疑與敵視，致力建立和平發展的氛圍與實際。很難想像當前的態勢仍然是一種單純內戰的延續。
第三，由於雙方的大小、強弱、體制相異，台灣作為一個比較小，軍事力量的對比相對不利，在外交或國際上受到限縮，經濟總量跟大陸相比將來的差距可能是越來越大的實體，其自我防衛的心態也十分強烈。深怕情勢的變化對自身不利，也恐怕任何和平協議的協商或協議的達成產生損害我們自身尊嚴或拘束我們自主性的後果，所以我們自己凝聚共識比較困難，執政當局即使有心也是戰戰兢兢，唯恐損害到國家的主權，唯恐被批判為違背台灣人民的利益，唯恐被中共拖進其軌道當中而無以自拔。所以有時候雖然會提和平協議的相關問題，但不是附加很多複雜的條件，就是認為協商的時機還沒有成熟，從而將此一雖然重要，但目前被視為並不迫切的訴求加以擱置，我們必須理解這點。
第四，在台灣內部有部分人士企圖塑造一種特殊的歷史經驗、文化價值與族群認同，而此一認同又因未獲得多數支持，國際承認並認為受到大陸打壓，產生心理上的被剝削感，演變成尋求自我認同，尋求國際承認，尋求對抗壓迫的他者的努力。另一方面，大陸亦有強悍的民族主義或民粹主義勢力，對兩岸關係的本質與發展速度，有相當尖銳性的看法。
兩種思維，兩種力量相激相盪，亦可能使兩岸關係越出和平發展的正軌，所以兩岸的和平協議非僅要追求大陸與台灣之間兩岸執政當局的協議，也要追求兩岸內部各種政治社會勢力之間的協議，此一和平才易達成，也才易持久；更重要的是要尋求兩岸各階層人民間的和平、信任與友愛；最後，要凝聚出重疊性的認同。
第五，締結和平協議的目的是結束兩岸敵對狀態，鞏固和平發展的路線。由於大陸方面堅持一個中國原則，而和平協議就是為了解決所謂台灣問題，因而在台灣內部就出現相當大的疑慮和反對聲音。他們認為中共當局試圖用其一中原則來否認協議的國際條約性質，藉機要國際社會承認兩岸屬於內戰狀態，矮化“中華民國”台灣的主權地位。台海關係將被視為中國的內政問題，從而排斥任何外國勢力的介入，以符合聯合國憲章“不干涉內政”原則。也因此一旦兩岸再度發生衝突，其他國家調停介入均增加了難度，對台灣不利。這些人士因而極力排斥在條件不具備下進行和平談判。 |
