業務流程上，《環球時報》亦有獨到之處。它建立了一套盯新聞制度，把世界上所有國家按區域劃分，每個編輯記者各負責一個區，每天報告該地區的重大新聞，除此之外，還列出了一個國內和國外主要媒體的清單，每天有人負責盯住這些媒體，所有員工都要參與，輪流值班，遇到重大新聞隨時報，即使整日風平浪靜，也必須在下班前報出一個有效選題。這使得《環球時報》幾乎不會漏掉任何重要新聞，並能隨時作出反應。
“9.11” 事件被《環球時報》內部視作快速反應能力的經典案例。當時編輯部員工分為A、B組輪流休假，A組到張家界度假，B組留守。在駐美記者打回電話後的兩個小時內，留守的編輯部成員全部趕到了辦公室，連夜做出特刊，第二天早上見報，此時A組員工也飛回北京，接替B組繼續做追蹤和深度報道。
《環球時報》擁有強大的發行網，它在全國有46個分印點，9個發行站，每次報紙頭版一確認，會立即告知發行站，確保早上8點報攤上可以買到報紙。《環球時報》在發行上幾乎實現了100%的回款，長年保持賬戶大量的現金流。
《環球時報》員工平均年齡只有30出頭，員工教育背景各異，大都以國際關係、外交、新聞、外語專業為主。這些年輕人不僅承擔高強度的工作，也要遵守嚴格的規章和紀律。《環球時報》不定期開設考試，內容多有關時事政治、新聞寫作等，編輯部參加考試，成績計入考核。聘用專家作為評報員，對每一期報紙挑錯並點評，被挑出錯誤的編輯將被罰款。
《環球時報》另有一不成文規矩——凡是與人說話，都要站起來說。一次有人到編輯部訪友，一進門，所有人全部起立，來客吃驚的立在當地不知如何是好。《人民日報》有高層到《環球時報》視察，眼見全體起立的場景，對何崇元管理之能印象深刻。
它有極為嚴苛的上班紀律。每個員工遲到次數都會留下記錄，早上9點上班，全年遲到超過10次降為試用期，所有員工必須24小時開通手機，和編輯部失去聯絡會面臨重罰，甚至開除。
雖然要求苛刻，工作壓力極大，《環球時報》還是不乏吸引力，2000年前後，中層或者骨幹員工達到15萬至20萬元，在當時處於媒體的高薪階層，這種激勵制度確實網羅到了大批人才，後來很多人出走後成為行業精英。
今天看，中國找不到第二家報紙外觀像《環球時報》一樣俗艶土氣：封面左上方是紅底白字的報頭，它與右側竪排藍底白字或綠底白字的二條新聞標題區，構成最不和諧的顔色搭配，而紅色報頭右邊土黃色底子的小方塊，永遠是藥品廣告。在中國各地都市報紛紛學習西方媒體版式設計的今天，只有《環球時報》依然堅持上世紀中國報紙凌亂的審美風格。
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