就在內憂外患的時候，由退伍軍人丹尼爾.謝斯領導的農民武裝起義於1786年在馬薩諸塞州爆發了。導致此次起義的主要因素包括獨立戰爭後國內經濟蕭條、硬通貨短缺引發的銀根緊縮、以及州政府為了償還戰時債務而大幅度提高稅賦。由於沒有自己的軍隊，邦聯國會面對農民起義舉手無措。馬薩諸塞州只好依靠民兵來鎮壓起義，然而，很多民兵同情參加起義的農民，不願同命相煎。結果州政府花了一年多的時間才把起義鎮壓下去。
謝斯起義讓當時的很多有識之士深刻意識到，沒有一個強有力的中央政府，美利堅合眾國將無法維護國內穩定或者抵禦外來威脅，更不可能在國際事務中有所作為。於是修改《邦聯條約》的呼聲越來越高，並最終促成了1787年費城制憲會議的召開。一部嶄新的美國憲法從此誕生了，而邦聯也由此變成了聯邦。
聯邦制下的權力分配
新憲法賦予聯邦政府諸多重要的權力。憲法第1條規定了國會作為立法機構的各項權力，包括徵稅、征兵、宣戰，制定國內外貿易政策和移民政策等等。第1條第8款還規定：國會有權“制定為執行以上各項權力和依據本憲法授予合眾國政府或政府中任何機構或官員的其他一切權力所必要的和恰當的法律”。這個條款也因此被稱為“必要和恰當”條款，它相當於一張權力的空頭支票，任由國會去填寫，並為聯邦法院通過司法解釋來擴大聯邦政府的權力埋下了伏筆。
除了國會，聯邦政府還有自己的行政機構，其最高領導同時兼任武裝部隊最高統帥，從而保證了聯邦法律能夠得到有效執行。新憲法還設立了聯邦最高法院，並且該法院也是美國國內的最高上訴法院，其判決對各州具有約束力。
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