一是領導團隊高官化。中國特色新型智庫，特別是民間智庫，其領導人員組成要體現民間性、非官方性。但近年已經建立和當前正在籌建的一些智庫，為了提高自己的層級檔次和社會影響，往往強調領導成員身份的高端化，實際操作結果是高官化，高端變成高官，高官成為機構領導的主體。不少智庫機構千方百計找尋本級和上一級在職或退休黨政官員擔任智庫主要領導職務。
二是內部管理行政化。中國特色新型智庫，其內部管理要去行政化，以適應現代智庫發展規律要求。但當前有部分智庫，特別是有的民間、半官方智庫，主要領導為現職或退休高官，實際內部管理者也是這類官員，其管理職位與職能確定基本上仍以過去行政頭銜為據，管理思維是行政思維，管理方式以行政辦法為主，課題研究與項目安排多以行政職務為據分配擔剛，課題內容取向與成果評價多以原行政職務高者的意見為權威，對外學術交流、舉辦論壇會議也主要按過去與現在的官銜進行出場安排、席位排序。
三是經費來源國資化。中國特色新型智庫，其經費來源應當逐步市場化，特別是民間、半官方智庫，經費來源要以市場為主，即使是政府採購服務，也要市場化、公開化、公平化。但當前部分智庫，特別是有的民間、半官方智庫，主要並善於利用本智庫機構官員領導原有的和現有的官方資源和渠道，基金籌集、開辦經費、辦公場地、人員經費、課題經費、會議經費等大都直接或間接來自財政經費、國企贊助，基本都是源於國有資金。真正來自市場籌集、由企業發自內心的主動贊助支持的很少。有的以政府採購形式出現的課題經費，往往也是通過官方關係私下協商與內部討論而定，並非政府公開渠道採購。
四是課題研究重叠化。中國特色新型智庫，其研究題目、研究內容、研究視角、研究方法要有各自特色、獨到見地和發揮獨到作用。但當前部分智庫，特別是有的民間、半官方智庫，課題任務、內容、層次、成果多與他人雷同，有的是千人一面、千言一意，少有獨立依據、獨到見地、獨創建議。其產生原因，在很大程度上是各個智庫從多個不同的國家、地方和部門所屬機構申請或協議得到基本雷同的課題項目，開展雷同的研究，產出雷同的成果。為同一個研究題目，由國家經費通過不同渠道支持幾家甚至幾十家機構同時進行研究，由此帶來不小的財政經費與人員精力浪費。
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