在取得上述進展的同時，兩岸政治關係仍存在從多局限，面臨種種制約，滯後於兩岸經濟、文化、社會關係的發展，影響到兩岸關係和平發展的鞏固深化。具體存在四方面的局限。
1、兩岸政治互信不足、不穩、不深，較為脆弱，具有不穩定、不平衡、不全面、不厚實的特征，包括：台灣方面不斷強調“中華民國主權”，突出“台灣優先”，歧視甚至敵視大陸；施壓大陸讓一部分人先“民主”起來，呼應香港“佔中”運動，勾連大陸敏感勢力，踩到大陸政治底線；習慣聯手美日尋求國際空間，扮演遏止大陸的“關鍵樞紐”，傷害同胞情感。
2、兩岸政治分歧制約了兩岸政治關係的發展。包括兩岸政治定位、台灣國際參與、大陸整體軍事部署以及兩岸政治社會制度差異等分歧，並沒有得到有效解決，有些問題還顯得更為突出，制約兩岸政治關係進一步發展。
3、台灣民意對於兩岸政治關係的疑慮增多。“台灣認同”上升，“主體意識”增強，雖然台灣民眾對於大陸的好感度有所上升，但負面仍超過好感，尤其擔心兩岸政治對話、政治談判會“出賣台灣”、傷害“台灣主權”、失去未來選擇權。
4、民進黨不放棄“台獨”分裂立場，而且“逢中必反”，阻撓大陸與民進黨進行黨際交往。多數民進黨籍縣市長已來大陸交流，謝長廷維新基金會還與大陸智庫舉辦學術研討會，綠營學者、政治人物以民間身份赴大陸交流已經常態化，但民進黨兩岸政策轉型舉步維艱，民共間無交流，只有個人層次的往來，使兩岸政黨交流並沒有實現全面化、正常化。
二、經驗
2008年以來兩岸政治關係發展的實踐表明，只要抓住並用好機遇，創新突破，由求同存異走向求同化異，就創造發展空間，有所突破。兩岸政治關係的成果表明有其自身規律、法則，與兩岸經貿、文化關係發展規律有所不同，需要兩岸政治互信的強化與正確政治發展方向的引導，需要經濟、文化、社會及民意基礎的支撐，需要兩岸雙方相向而行，選擇突破口，攻堅克難。具體而言有四點經驗值得重視。
1、堅持一中、增強互信。這是推進兩岸政治關係發展的基本準則，也是確保兩岸關係和平發展的根本保障。堅持“九二共識”、共同反對“台獨”是兩岸關係和平發展的政治基礎，只要兩岸雙方堅持一中框架、堅持“九二共識”，強化共同反對“台獨”的信念，就可奠定推進兩岸政治關係發展的基礎，任何時候、任何情況下都不能動搖與退讓。兩岸雙方應充分利用現有的國共高層平台、兩岸經貿文化論壇、兩岸事務主管機關常態化溝通機制、海協與海基兩會平台等，加強溝通，消除疑慮，強化合作，增進互信。
2、聚同化異、把握節奏。這是經過實踐檢驗、行之有效的推進兩岸政治關係的基本路徑。兩岸政治分歧早就存在，也將長期存在，但並不是固定不變，也不會永遠存在。只要兩岸雙方秉持縮小分歧、求同存異、聚同化異的精神，採取先易後難、先低後高、循序漸進、把握節奏的策略，逐步營造氣氛，創造條件，最終可以找到解決問題、發展兩岸政治關係的路徑與辦法。
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